Mega Man Zero 2, conhecido no Japão como Rockman Zero 2, é o segundo jogo da série Mega Man Zero para o Game Boy Advance, desenvolvido pela Inti Creates e publicado pela Capcom em 2003. LAN Multijogador: Se você tiver dois cartuchos e um cabo de ligação, os jogadores podem conectar dois GBAs e participar de um jogo para dois jogadores. Existem três modos disponíveis para participar: - Time Attack - Defina um objetivo em algum lugar do palco. Após três tentativas, o jogador com o menor tempo para o gol vence. - Batalha Inimiga - Derrote o maior número de inimigos do gerador dentro do limite de tempo. - Obter item. - Colete a maioria dos itens do mapa dentro do prazo.

Um ano se passou desde que Zero derrotou a Cópia X. Desde então, ele passou seu tempo vagando pelo deserto derrotando onda após onda de Panteões. Quando o jogo começa, Zero atravessa com cansaço uma tempestade de areia envolta em uma capa esfarrapada. À medida que as areias morrem, ele percebe que está mais uma vez sendo perseguido por inimigos. Apesar de estar em mau estado, com armadura rachada e armas quebradas (sua vara e escudo sendo inúteis), sua capa é jogada ao vento e sua arma Buster Shot é sacada na defesa. Em outro lugar, os três membros sobreviventes dos Quatro Guardiões (Fantasma se autodestruiu tentando impedir o ataque de Zero à Área X no jogo anterior) assumiram o comando de Neo Arcadia, com Harpuia como líder. A morte da cópia X foi encoberta, pois os humanos o reverenciavam como seu salvador. Harpuia deixa Neo Arcadia e se depara com Zero após sua batalha no deserto. Harpuia o leva para a nova Base da Resistência, onde Zero é reparado e se reúne com Ciel e o resto da Resistência, e também encontra seu novo comandante, Elpizo. Sozinha em seu escritório, Ciel conta a Zero sobre as mudanças que ocorreram no ano em que ele estava desaparecido, além de lembrá-lo de seu objetivo final de criar um novo sistema de energia. Ela mostra a ele um Bebê Elfo, que é a base de sua pesquisa atual.