Mega Man X 8 adiciona mais profundidade e variedade a esta série de jogos clássica. Com a Terra em ruínas após a invasão de Sigma, a humanidade constrói um novo tipo de reploide para colonizar a lua. Sigma corrompeu seu DNA e os fez se voltar contra os humanos. Você e seus companheiros de equipe vão para a lua para uma aventura no espaço sideral de proporções épicas!

No final de 21XX, as Guerras Mavericks continuam sem fim à vista. Para escapar da carnificina, os humanos começaram a migrar para a Lua como parte de uma iniciativa conhecida como "Projeto Jakob", que envolve um elevador orbital construído nas Ilhas Galápagos. Uma noite, enquanto X está em patrulha, um dos elevadores quebra e cai na Terra. Quando X se aproxima do elevador, as portas se abrem, revelando um exército inteiro de Sigmas. De repente, um Reploide de cabelos roxos chega e se apresenta como Lumine, o diretor do Projeto Jakob. Ele revela que o "exército Sigma" não é o que parece ser; em vez disso, eles são Reploids de nova geração criados como parte do projeto que são imunes a vírus e capazes de usar dados de cópia de DNA para mudar suas formas e aparências para ajudar no desenvolvimento espacial.