Uma grande celebração na World Robot Expo é abalada pela visão de um disco voador cruzando o céu. Mas em vez de segurar homenzinhos verdes, este disco contém um cientista muito louco! Armado com uma máquina de controle mental que transmite um sinal sinistro, o Dr. Wily está pronto para hipnotizar todos os robôs da cidade em um exército de mercenários metálicos irracionais! Lutando contra os efeitos da máquina de controle mental de Wily, Mega Man e seus reforços robóticos, Rush e Beat devem explodir em metal derretido um exército de inimigos liderados por oito dos maiores mestres robôs de Wily! E se Mega Man sobreviver, o Dr. Wily está esperando para liberar a artilharia pesada com sua mais recente criação, o incrível Wily Tank!

No ano de 20XX, alguns meses após Mega Man III, cientistas de todo o mundo se reuniram na World Robot Expo anual, onde mostram suas últimas criações, robôs desenvolvidos para a paz mundial. Dr. Light participou da exposição ao lado de Rock, Rush e Beat. Uma variedade de robôs industriais foram apresentados, mas de repente um OVNI duvidoso apareceu no céu. Dr. Wily se revela e anuncia que usará os robôs da exposição para ajudá-lo em sua busca pela dominação do mundo, usando uma onda de rádio para controlar os robôs. Rock e Rush não são afetados devido a seus circuitos terem um forte senso de justiça, mas Beat perde quatro de suas partes na comoção. Dr. Light rapidamente retorna ao seu laboratório para transformar Rock no robô de combate Mega Man. Enquanto isso, Dr. Wily espalha os robôs controlados para causar estragos na cidade. Pronto para a batalha, Mega Man deve se levantar contra os recém-desenvolvidos robôs de alto desempenho da exposição e parar o Dr. Wily, e se possível também encontrar as peças que Beat deixou cair para que ele possa ajudá-lo.