Mega Man, Roll e todos os seus favoritos estão de volta nesta nova aventura 3D! Longe dali, em um terreno baldio isolado, uma garota misteriosa e um tesouro infame foram descobertos. É a lendária "Chave Selada", rumores de desbloquear um mistério ainda maior conhecido como o Grande Legado. Que poder tem o Grande Legado? Agora, uma corrida se desenrola quando Mega Man e seus amigos embarcam em uma jornada que alterará seus destinos para sempre.

Em um mundo coberto por água sem fim, MegaMan e Roll se encontram mais perto do que nunca de encontrar o Mother Lode. Os perigos estão aumentando à medida que se aproximam da Ilha Proibida e correm o risco de desvendar o maior e possivelmente mais perigoso segredo do mundo.