Perfect Cherry Blossom apresenta três personagens jogáveis para escolher, e cada personagem tem dois conjuntos diferentes de habilidades. Reimu Hakurei é relativamente equilibrado em todas as áreas. Marisa Kirisame se move mais rápido e usa ataques mais poderosos com menos alcance. Sakuya Izayoi se move mais devagar e usa ataques mais fracos que podem atingir quase tudo na tela. Uma grande adição ao Perfect Cherry Blossom é o sistema de pontuação "Cherry". Atirar em inimigos aumenta seus Pontos de Cereja, bombardear ou morrer diminui seus Pontos de Cereja e atingir 50.000 Pontos de Cereja lhe dá um escudo temporário. Os Pontos de Cereja eventualmente levam a um Medidor de Cereja mais alto, o que aumenta os pontos que você recebe dos Itens de Ponto. Outras mudanças importantes são a aparência do hitbox do seu personagem enquanto você está focado, as propriedades de seus ataques, dependendo se você está focado ou desfocado, e um cursor útil ao longo da margem inferior durante uma batalha de chefe que mostra a localização do chefe. Este jogo também é único, pois inclui um "Estágio Fantasma" que só pode ser jogado depois de concluir o Estágio Extra. ZUN afirmou que o Estágio Extra neste jogo deveria ser uma versão de "modo fácil"; talvez o Estágio Fantasma fosse o Estágio Extra original durante o desenvolvimento.

PRÓLOGO Em Gensokyo, as pessoas relaxam e se aquecem na calma de um inverno sem fim. A primavera não mostrou sinais de chegar, embora já seja maio, e na verdade as tempestades de neve estão cada vez piorando. Reimu Hakurei, uma donzela do santuário Hakurei, está cansada de estar com frio todos os dias e quer encontrar a fonte desse clima não natural. Marisa Kirisame, uma maga vestida de preto, vê uma pétala de flor de cerejeira flutuar do lado de fora de sua casa quente e se pergunta se a primavera está acontecendo em outro lugar. Sakuya Izayoi, a empregada líder da Mansão do Diabo Escarlate, sabe que seus suprimentos de inverno estão diminuindo rapidamente e quer acabar com esse inverno prolongado antes que eles acabem completamente. Dependendo de quem você escolher, apenas uma dessas três heroínas realmente sai e investiga. HISTÓRIA PRINCIPAL A heroína começa sua jornada indo para as florestas cobertas de neve em busca de pistas. Ela luta contra a fada do gelo Cirno e o espírito do inverno Letty Whiterock na floresta, e o nekomata Chen na aldeia de Mayohiga, sem qualquer progresso em sua busca. Finalmente, depois de derrotar Alice Margatroid e suas bonecas, a heroína encontra uma pista quando percebe várias flores de cerejeira soprando no céu. A heroína segue a trilha de flores de cerejeira acima de Gensokyo, rompendo as saudações de Lily White, chegando a um grande limite mágico e aos músicos poltergeist Prismriver Sisters. Depois de silenciar as Irmãs Prismriver, a heroína cruza a fronteira para o Submundo. Depois de lutar contra vários fantasmas, a heroína é confrontada pelo jardineiro fantasma humano Youmu Konpaku. Youmu explica que ela estava roubando a essência da "primavera" em Gensokyo para fazer a Saigyou Ayakashi, uma cerejeira youkai, florescer perfeitamente com o resto dos jardins de Hakugyokurou, de acordo com as ordens de seu mestre. A heroína derrota Youmu e corre para Hakugyokurou para recuperar a primavera de Gensokyo. Agora, no final de uma longa jornada, a heroína fica cara a cara com Yuyuko Saigyouji, a princesa fantasma de Hakugyokurou. Yuyuko revela que queria reviver uma certa alma que foi selada dentro do Saigyou Ayakashi antes de sua existência. Para quebrar o selo, a cerejeira youkai precisava florescer completa e completamente. Yuyuko e a heroína travam uma batalha feroz, para obter a última "primavera" contida na heroína necessária para a Flor de Cerejeira Perfeita e para recuperar a primavera de Gensokyo, respectivamente. Depois que a heroína derrota Yuyuko, o Saigyou Ayakashi começa a perder sua vida. No entanto, o selo foi enfraquecido pela flor quase completa, e a alma selada é temporariamente liberada. A alma é na verdade de Yuyuko. A heroína evita ataque após ataque até que a alma de Yuyuko seja finalmente selada mais uma vez.