Montanha da Fé apresenta dois personagens jogáveis, cada um com três tipos de armas, mas sem bombas mágicas personalizadas. Coletar itens de poder resulta em um aumento nos satélites "opcionais" ao redor do personagem (para um total de quatro), que se comportam de forma diferente de acordo com o personagem e o tipo de arma. As opções de cada personagem também disparam balas e mudam de posição ou congelam no modo de foco. O sistema de pontuação é baseado no medidor Faith, que possui um medidor recarregável e um valor numérico (mínimo de 50.000). Enquanto o medidor não estiver vazio, o valor de Fé do jogador não diminui, mas o medidor se esgota lentamente, a menos que o jogador esteja derrotando inimigos ou coletando itens de ponto. Itens pontuais também reabastecem parcialmente o medidor, e itens de Fé aumentam o valor de Fé. O valor Fé afeta diretamente o valor de pontos de itens de pontos e bônus de cartas mágicas.

BACKSTORY O outono chegou a Gensokyo e ao seu único santuário, o Santuário Hakurei, um ponto de encontro comum para seus youkai que raramente era visitado por seus humanos. Como resultado, a fé na divindade do Santuário Hakurei começou a cair como as folhas das árvores. É nessa época que Reimu Hakurei, a donzela do santuário Hakurei, é visitada por um estranho misterioso que afirma representar um deus das montanhas e ordena que ela feche as portas do santuário para sempre. Reimu está profundamente preocupada com esse estado de coisas, pois sabe que o santuário não pode ser fechado devido ao papel que desempenha na vigilância da Grande Fronteira Hakurei. Marisa Kirisame, sua amiga maga comum, é desconfiada e também adequadamente entediada. PRÓLOGO Dependendo de quem você escolher, uma dessas garotas finalmente decide subir a Montanha Youkai para enfrentar a divindade misteriosa por trás das ameaças. CENÁRIO PRINCIPAL A caminho da montanha, a heroína encontra vários dos inúmeros deuses de Gensokyo, incluindo dois espíritos do outono, Shizuha Aki e Minoriko Aki, e um deus da maldição, Hina Kagiyama, que tenta afugentá-la dos perigos da montanha (sem sucesso). Quando nossa heroína chega ao sopé da montanha e começa a escalá-la, outro youkai aparece para tentar convencê-la a sair - Nitori Kawashiro, o kappa do vale. Depois da tentativa igualmente malsucedida de Nitori de fazê-la ir embora, ela menciona que um deus apareceu recentemente na montanha, causando alguns problemas para os tengu e kappa que vivem lá. Subindo a cachoeira que alimentava os rios em que Nitori nadava, a heroína enfrenta as forças que protegem a montanha da influência externa, incluindo Momiji Inubashiri e a tradicional repórter tengu, Aya Shameimaru, que foi enviada para investigar pelos líderes da sociedade tengu devido a sua familiaridade com pessoas de fora. Aya dá uma luta simbólica, mas eventualmente permite que o intruso humano passe para o lago onde um novo santuário, o Santuário Moriya, apareceu. Ao entrar no terreno, ela é confrontada por uma nova donzela do santuário - Sanae Kochiya. Sanae diz que o lago e o Santuário Moriya foram transferidos recentemente para Gensokyo, e que ela pretende coletar toda a fé de Gensokyo para "Lady Yasaka". Naturalmente, fazer isso significaria o fim do Santuário Hakurei, ao qual nossa heroína se opõe, levando a uma batalha em que Sanae é finalmente derrotada. No topo da montanha, nossa heroína encontra um lago cercado por pilares e Kanako Yasaka. Kanako, uma deusa do vento e da chuva, procura ganhar toda a fé de Gensokyo para evitar que o nível decrescente de fé em Gensokyo chegue ao ponto em que seus deuses percam seu poder. Se tal coisa acontecesse, ela acredita, Gensokyo cairia em um estado de caos. Depois de uma batalha prolongada, no entanto, Kanako está convencida a fazer as pazes com os tengu e kappa, que também estão convencidos a aceitá-la como a deusa da Montanha Youkai.