Mortal Kombat 3 traz novos elementos para a série de luta 2D: campos de jogo de vários níveis, ataques "Dial-A-Combo", um botão "Run" para acelerar as batalhas e códigos "Vs. ", que desbloqueiam novos poderes e habilidades quando ambos os jogadores entram em uma sequência de códigos nas telas de pré-jogo. Também estão incluídos mais fatalidades no palco e movimentos de finalização, à medida que cada guerreiro tenta enfrentar o executor centauriano Motaro e o próprio Shao Kahn.

Farto de perdas contínuas na batalha do torneio, Shao Kahn, que havia perdido para Liu Kang no torneio Outworld, promulga um plano de 10.000 anos. Ele faria com que seus Sacerdotes das Sombras, liderados por Shang Tsung, revivessem sua antiga Rainha Sindel, que morreu inesperadamente em uma idade jovem. No entanto, ela não seria revivida no Outworld. Ela seria ressuscitada no Reino da Terra. Isso permitiria que Shao Kahn cruzasse as linhas de fronteira e recuperasse sua rainha. Quando Sindel reencarna no Reino da Terra, Shao Kahn atravessa as dimensões para recuperá-la. Como consequência de sua ação, o Reino da Terra se torna parte do Outworld, matando bilhões instantaneamente. Apenas alguns são poupados, pois Rayden protege suas almas. Ele diz a eles que Shao Kahn deve ser parado, mas ele não pode interferir; devido ao seu status, ele não tem poder em Outworld, e o Reino da Terra está parcialmente fundido com Outworld. Shao Kahn desencadeou esquadrões de extermínio para vagar por todo o Reino da Terra e matar quaisquer sobreviventes.