Mortal Kombat: Deception é o sexto capítulo da franquia Mortal Kombat. Baseado no motor de Mortal Kombat: Deadly Alliance, os jogadores mais uma vez têm que lutar para parar esta nova ameaça na sexta edição da série de luta. Os modos Arcade, Versus e Practice padrão retornam, bem como novos itens que podem ser encontrados no Krypt. Além disso, há os novos modos Konquest Adventure, Chess Kombat e Puzzle Kombat para dar ao jogador novos mini-jogos. As versões para PlayStation 2 e Xbox oferecem jogos competitivos online contra outros jogadores. A versão Gamecube não inclui jogos online, mas oferece Goro e Shao Kahn como personagens jogáveis exclusivos.

À medida que a aliança mortal de Quan Chi e Shang Tsung emerge vitoriosa contra os guerreiros de Raiden, um novo mal, o Rei Dragão e ex-imperador de Outworld Onaga, parece buscar os seis artefatos (o Kamidogu) que lhe concedem poder supremo sobre todos os reinos. O protagonista principal é Shujinko, um guerreiro com o poder de copiar as habilidades de outros lutadores que foi enganado para ressuscitar Onaga antes da história principal. Para realizar essa tarefa, Shunjinko atravessa todos os reinos, desde seu Reino da Terra nativo até o infernal Netherealm, enquanto é tutorado pelos grandes mestres do Mortal Kombat. No entanto, uma vez que Shujinko realiza sua tarefa, ele descobre que ele tem sido um peão em uma conspiração para restaurar o malvado Rei Dragão, Onaga, dos mortos. Com Onaga restaurado à força total, os campeões de Mortal Kombat devem impedi-lo de alterar o próprio tecido da existência.