Toda a jogabilidade do G-Nome é baseada em combates a curta distância, por meio do movimento direto dos pés ou da ocupação de veículos. A maioria dos veículos são máquinas de assalto bípede denominadas “HAWCs”, (Heavy Armored Weapons Chassis), que costumam transportar entre dois e quatro suportes de armas, que variam entre armas de pulso laser, metralhadoras e mísseis. Além dos HAWCs, cada uma das raças no jogo mantém hovercrafts e veículos de apoio blindados, para seguro estratégico e variabilidade.

O jogo se passa no ano de 2225, AD , no mundo remoto de Ruhelen no sistema estelar Omicron Reticuli. Este planeta tem sido um território disputado entre o Escurecer, União, Mercenários e o Escorpião, que são a maior ameaça da União. A descoberta do sistema estelar Phygos, rico em minerais, nas proximidades perturbou o tênue equilíbrio estratégico das quatro raças, levando à especulação de uma guerra inevitável. O jogador assume o papel do sargento Joshua Gant, um agente aposentado da Agência de Inteligência da União (UIA), que há dez anos experimenta pesadelos horríveis de uma missão que resultou na perda de seu melhor amigo e camarada, Ron Pearl. Após um dos pesadelos de Gant, o sargento é contatado pelo diretor geral da UIA, Allance Wilkins, que restabelece Gant imediatamente para uma missão de extrema importância. De acordo com Wilkins, os Scorp têm conduzido experimentos de guerra biológica ultrassecretos com prisioneiros de guerra humanos, a fim de criar um super-soldado mutante apelidado de "G-Nome". Gant é ordenado a sacrificar o G-Nome e destruir a instalação Scorp que tem abrigado os experimentos. Para obter assistência, Gant recebe uma equipe que inclui seu velho amigo e especialista em munições, o sargento Stephen Kylie, o geneticista mais talentoso da Union, a doutora Victoria Thane e um membro final não revelado da equipe que opera no território da Scorp. Gant começa sua missão atravessando a República das Trevas a pé e eliminando estrategicamente qualquer oposição que atrapalhe seu objetivo de se encontrar com Kylie. Unidos mais uma vez, a dupla embarca pelo território Merc para conhecer Thane, que está em uma missão separada. Após a disposição de Wilkins, Thane identifica alguma tecnologia Merc especializada armazenada em uma estrutura facilitada chamada Cidadela em uma mesa chamada Caracon como o meio de neutralizar o G-Nome. Depois de adquirir a tecnologia, a equipe se dirige para o território Scorp. Gant e sua equipe contornam a fronteira fortemente defendida da Scorp, onde ele é apresentado ao último membro de sua equipe: o major Jack Sheridan, um especialista da Scorp e o homem responsável pela perda de Pearl dez anos antes. Depois de várias escaramuças precárias com a intenção de adquirir veículos Scorp para contornar os campos minados e descobrir a localização da instalação do G-Nome, Sheridan leva a equipe diretamente ao laboratório. A missão é comprometida, no entanto, quando Sheridan tenta matar Gant, captura o G-Nome e permite que Kylie seja capturada por reforços de Scorp. Logo depois, no entanto, o Escorpião se aliou a Gant, reconhecendo Sheridan e o G-Nome como uma ameaça maior. O Escorpião e a UIA percebem que Sheridan tem um laboratório de recombinação genética localizado dentro da Fronteira Shalten vulcânica, onde não só ele é apoiado por um exército considerável, mas ele pretende clonar o G-Nome. [6] Depois de ganhar reforços de Wilkins e um grande confronto na instalação secreta, Sheridan mata Kylie imediatamente após Gant destruir o laboratório. Enquanto a União acaba com as forças de Sheridan, Gant persegue Sheridan, com o G-Nome a reboque. Gant desativa os poderosos veículos de Sheridan e o mata. Gant confronta e subjuga o G-Nome e, ao examinar um marcador em sua pata, descobre que Pérola era o G-Nome. Em um ato de misericórdia, Gant permite que Pearl sobreviva e diz a ele para fugir antes que as forças da União cheguem. O G-Nome é visto indo em direção ao pôr do sol nos créditos finais do jogo. Quando as forças de Sheridan são derrotadas, Wilkins vasculha os restos do laboratório de recombinação e se depara com uma placa de Petri chamada "G-NOME: PEARL". Wilkins pega o prato e parte. No rescaldo, o Escorpião declara guerra à União, em retaliação pela missão. Relatos vazam através de uma operação secreta da União destinada a destruir a instalação Scorp G-Nome, mas são negados tanto pela União quanto pela Scorp, enquanto Wilkins inesperadamente renuncia, causando especulações públicas de que a suposta operação terminou em fracasso.