Phantom Galaxies é um simulador espacial online de mundo aberto no qual inicialmente os jogadores assumem um papel fundamental na guerra pelo controle dos setores do Canis Major. Os jogadores lutarão na linha de frente, bem como explorarão o espaço profundo para encontrar recursos valiosos e descobrir as poderosas armas dos Sha 'Kari.

Mais de cinquenta anos se passaram desde a última grande guerra entre a União e a Comunidade de Neoterra, e hoje as duas facções coexistem em uma aliança desconfortável contra guildas de piratas sem lei e um novo inimigo perigoso: os Sha 'Kari. Os Zelotes Sha 'Kari são a casta sacerdotal da raça Sha'Har e pretendem se vingar da humanidade pela profanação dos planetas ancestrais dos Sha 'Har. Eles têm uma forte presença na galáxia, habitando vários sistemas estelares, e sua incursão pressiona a União e a desconfortável aliança da Commonwealth. A aliança humana é frágil, mas deve perdurar se quiser ter a menor chance de resistir aos ataques dos fanáticos Sha 'Kari, que consideram os humanos usurpadores e ladrões de túmulos. Os Sha'Kari têm a clara vantagem em tecnologia, sendo os criadores originais das armaduras motorizadas que inspiraram os humanos a construir a série de veículos Mecanizados Starfighter de grande sucesso. Do lado humano, os Caças Estelares Mecanizados são comandados pelos melhores pilotos, e o Esquadrão Ranger representa o melhor dos melhores - uma unidade altamente conceituada de pilotos de elite da União e da Commonwealth, conhecida por sua destemor e eficácia em batalha. Você começa o jogo como um alferes piloto Mecanizado Starfighter que se junta às fileiras do Esquadrão Ranger de pilotos de elite.