A sequência de Zone of the Enders é baseada no combate mecha com o jogador mais uma vez controlando o Jehuty "Orbital Frame". Ao contrário de sua prequela, o jogo agora está centrado em elementos de ação, com o jogador não precisando proteger civis necessitados e, em vez disso, Jehuty contém mais armas do que no jogo anterior. A trama se passa dois anos após os eventos de Zone of the Enders e se concentra em Dingo Egret, um ex-membro da organização militar de Marte BAHRAM, cujo líder Ridley "Nohman" Hardiman quer de volta com ele. Nohman atira em Dingo após a sua rejeição, mas o agente Ken Marinaris salva Dingo ligando o seu corpo a Jehuty e força-o a trabalhar para derrotar BAHRAM. O jogo teve um novo diretor, Shuyo Murata, que o produtor Hideo Kojima nomeou para proporcionar uma experiência diferente. A equipe trabalhou para cobrir as críticas que o Zone of the Enders original recebeu, resultando em The 2nd Runner com mais elementos de ação. O jogo recebeu uma resposta crítica geralmente favorável devido às melhorias que tem em comparação com o jogo anterior. Os críticos elogiaram os gráficos e os elementos de jogabilidade do jogo, mas criticaram sua curta duração e apresentação. Apesar da reação crítica positiva, o jogo sofreu vendas medíocres. A América do Norte e o Japão obtiveram o ZOE2 regular, mas a edição regular do ZOE2 nunca foi lançada na Europa. A Europa recebeu diretamente a Edição Especial ZOE2.