A Unidade de Batalha Zeoth ocorre no futuro, onde a humanidade é invadida por uma raça de robôs alienígenas conhecidos como Grein. As forças da Terra triunfaram na batalha e as forças Grein fugiram do Sistema Solar. No entanto, quando recuaram, os Grein deixaram para trás uma base subterrânea secreta cheia de máquinas Grein autorreplicantes. Quarenta e dois anos após a vitória da Terra, a base Grein foi aberta e uma nova força de ataque dizimou a cidade da Nova Era. Para retaliar, os militares da Terra armazenaram um mecha especializado em combate alienígena conhecido como Zeoth. É tarefa do Zeoth parar a força de ataque, entrar na base secreta Grein e destruir os ocupantes mecânicos antes que uma nova força de invasão chegue.