A sequência de Kileak: The DNA Imperative, Epidemic coloca os jogadores em um mundo atormentado por uma doença mortal: o vírus Gigari. Tendo se espalhado pelo mundo, forçou os remanescentes da civilização humana a se esconderem no subsolo. O lar da humanidade é a Cidade Neural, que é controlada pelo Grupo Byflos, que detém a ameaça de desligar todo o suporte de vida sobre as cabeças dos habitantes da cidade. Como Masao Coda, membro do grupo de libertação Del Sol, você deve usar seu traje Protect Armor para enfrentar o Grupo Byflos e seus muitos lacaios robóticos, resgatar sua namorada infectada da morte certa nas mãos do vírus e, eventualmente, salvar a humanidade.