Ao longo da franquia Destino, pares de mestres e espíritos heróicos - também conhecidos como servos - lutaram ao longo da história em uma série de Guerras do Santo Graal, com a dupla vencedora recebendo um artefato antigo que concede desejos. Fate/Samurai Remnant continua a épica Guerra do Santo Graal da série no quarto ano da Era Keian, Período Edo no Japão. Já se passaram várias décadas desde o fim de uma era turbulenta e encharcada de sangue, e enquanto as pessoas estão finalmente desfrutando de paz e tranquilidade, uma batalha entre sete pares de mestres e servos está prestes a começar quando o "Ritual da Lua Crescente" se desenrola nas sombras. É aqui que o herói do jogo, Miyamoto Iori, um jovem de Asakusa, se vê preso na violência ao lado de seu servo Saber, enquanto lutam para ser o último par restante para receber o concedente de desejos, o “Vaso da Lua Crescente”.

O 4º ano da Era Keian, Período Edo. Já se passaram várias décadas desde o fim de uma era turbulenta e encharcada de sangue. As pessoas estavam desfrutando de paz e tranquilidade. Mas, uma batalha entre sete pares de Mestres e Servos está prestes a começar, enquanto o "Ritual da Lua Crescente" se desenrola nas sombras. Miyamoto Iori, um jovem em Asakusa, encontra-se preso na violência de uma Guerra do Santo Graal.