Prepare-se para uma história diferente ambientada no mesmo universo de Fire Emblem: Three Houses. Shez, um mercenário cuja equipe foi dizimada por Byleth em batalha, se junta à academia militar do Mosteiro Garreg Mach e se torna um estudante em uma das três classes, cada uma incluindo estudantes de uma das três nações do continente de Fódlan. Como em Three Houses, o jogo permite que os jogadores decidam em qual classe se juntar, levando a diferentes caminhos de história e personagens jogáveis.

Situado na terra de Fodlan, uma releitura alternativa de eventos de Fire Emblem: Three Houses. A história segue Shez, um jovem mercenário cuja companhia é exterminada em uma emboscada devastadora por uma espada rival de aluguel conhecida como o Demônio Cinzento, Byleth. Sobrevivendo apenas através da intervenção de Arval, uma presença misteriosa que habita dentro de sua mente, Shez jura vingança. Meses depois, o acaso leva Shez ao resgate de três jovens nobres assolados por bandidos: Edelgard, herdeiro do Império Adrestiano; Dimitri, príncipe do Reino Sagrado de Faerghus; e Claude, herdeiro da Aliança de Leicester. Em gratidão, Shez está matriculado na Academia de Oficiais do Mosteiro Garreg Mach, onde os três futuros governantes estudam lado a lado. Mas a paz é frágil e, à medida que as crises eclodem em todo o continente dividido, Shez deve escolher qual das três nações servir, colocando Fodlan no caminho de uma guerra arrebatadora travada em três destinos muito diferentes.