Só porque essa batalha cabe na palma da sua mão não significa que as apostas são pequenas. Pelo contrário, nesta luta de tudo ou nada, você terá acesso a armas, granadas, lançadores e armamentos de todos os tipos. Os jogadores assumem o comando de um exército que quer recuperar um mundo que foi destruído por facções em guerra. O mapa de batalha é essencialmente uma grade, e as unidades em movimento são como mover peças de xadrez em um tabuleiro - cada uma das unidades pode mover uma quantidade específica de espaços dentro desta grade e só pode atacar a uma certa distância de inimigos específicos. Advance Wars apresenta mais de 115 mapas, um editor de mapas, jogo direto via cabo de ligação e um modo tutorial fácil de entender para iniciantes.

A história das Guerras Avançadas começa no modo tutorial "Treinamento de Campo", com a nação de Orange Star em uma guerra contra a nação vizinha de Blue Moon, com Olaf como o comandante do Exército da Lua Azul (CO). Olaf de repente ordenou uma invasão da nação Estrela Laranja e está em batalha com o Exército Estrela Laranja. A campanha continua a história que começou no tutorial. Nell, a líder de fato dos COs da Estrela Laranja, dá ao jogador o dever de um conselheiro tático para o Exército da Estrela Laranja. O jogador segue o esforço de guerra através de todos os quatro países, com seus próprios COs, ao longo do jogo. Começando com apenas uma escolha de um CO para aconselhar, Andy, o jogador terá a opção de mais dois COs Orange Star, Max e Sami, para aconselhar à medida que a história avança, cada um com suas próprias vantagens e desvantagens. Dependendo de qual CO é escolhido pelo jogador para aconselhar, há momentos em que uma missão é dividida em duas ou três opções, onde os mapas e o diálogo podem ser diferentes. Depois de completar essa missão, os caminhos da história podem se dividir, dependendo de qual CO foi escolhido naquela missão anterior, com a história diferindo do outro caminho, eventualmente levando de volta ao caminho principal. Depois de vencer uma batalha contra a Terra Verde, Andy é misteriosamente acusado pelo CO da Terra Verde, Eagle, de cometer um ato traiçoeiro de agressão contra a Terra Verde. Depois de derrotar as tropas da Lua Azul que invadiram o país da Estrela Laranja, o Exército da Estrela Laranja então invadiu o país da Lua Azul, derrotando suas tropas. Os COs da Lua Azul, Olaf e Grit, são revelados como COs que costumavam trabalhar para o Exército da Estrela Laranja, mas mudaram para a Lua Azul. Quando a intenção do Exército da Estrela Laranja era apenas passar pelos outros dois países, Terra Verde e Cometa Amarelo, os COs dos países, como Kanbei do Cometa Amarelo, assumem a ameaça de uma invasão e declaram batalhas contra o Exército da Estrela Laranja em suas terras. Mais tarde, o Comandante da Terra Verde, Drake, diz à Águia que o Exército da Estrela Laranja não atacou a Terra Verde, dizendo que "Todo esse conflito foi orquestrado desde o início. - Enquanto isso, o Cometa Amarelo CO Sonja e Grit tentam descobrir a pessoa que está realmente por trás dos ataques. Quando Águia encontra Andy novamente, Águia novamente acusa Andy de atacar a Terra Verde, ao que os COs da Estrela Laranja eventualmente convencem Águia de que não foi Andy quem atacou a Terra Verde. Isso explica por que as três nações têm declarado batalhas contra a Estrela Laranja, pois pensavam que Andy os atacou primeiro. Quando Águia encontra Sonja, Sonja também diz a Águia que Andy não estava por trás dos ataques, dizendo que era outra pessoa, e vai com ela para ver o que ela descobriu. É revelado que o enigmático Exército do Buraco Negro, sob o comando de Sturm, é o verdadeiro inimigo. Usando um clone sósia de Andy, Sturm provocou uma guerra entre os quatro países para confundi-los, enfraquecê-los e, eventualmente, conquistá-los. Uma vez que isso é revelado, os quatro países se unem para expulsar o Buraco Negro de sua terra, a Cosmo Land, com os COs escolhidos automaticamente dependendo dos caminhos que o jogador tomou durante o jogo.