O tempo: Space Century 3240. O lugar: O Algol Star System. Tudo começou quando o rei Lassic se tornou mau e deixou hordas de criaturas mágicas e hediondas enlouquecerem nos três planetas. Quando seu irmão foi morto, Alis jurou vingar sua morte e pôr fim a Lassic para sempre. Junte-se a ela em uma jornada através do tempo e do espaço para mundos onde as criaturas falam...onde a magia e a ciência se combinam para levá-lo na melhor missão em vídeo. Phantasy Star é um RPG de aventura total com cidades cheias de pessoas e lojas... masmorras de 16 níveis cheias de armadilhas e tesouros...três companheiros que o ajudarão se você os encontrar e alguns dos gráficos mais incríveis já colocados em um videogame.

O jogo apresenta o sistema estelar de Algo, e seus três planetas Palma, Motavia e Dezoris. O sistema está nas garras de seu governante maligno, o rei Lassic. Uma jovem, Alis, vê seu irmão morrer enquanto tenta investigar o rei Lassic, e jura vingar sua morte livrando o sistema da influência maligna de Lassic. Alis logo é acompanhada em sua busca por Myau - uma criatura parecida com um gato, Odin - um lendário lutador, e Noah, um Esper. Juntos, eles exploram os planetas de Algo, reunindo armas e armaduras místicas, lutando com Lassic em seu castelo no céu e, finalmente, descobrindo a escuridão oculta por trás de tudo.