Breath of Fire IV é um jogo para um jogador que continua a história com essas "pessoas dragão", que deram suas vidas para erradicar a deusa do mal e restaurar a paz em seu mundo. Desta vez, a batalha eclodiu entre dois continentes poderosos, e a bela Princesa Elena desapareceu durante uma visita à região devastada pela guerra. A irmã da princesa, Nina, que reina no Reino Windia, promete recuperar seu irmão desaparecido. Ela conhece Ryu ao longo do caminho, que se junta à missão épica

Em um mundo distante, dois continentes flutuam, separados por uma vasta terra pantanosa. Por eras, nenhum contato existia entre os dois continentes porque os navios não podiam navegar pela extensão. Por fim, quando o primeiro contato histórico foi feito entre as duas potências, a guerra eclodiu! Depois de uma luta longa e cara entre o Império Fou no oeste e uma aliança de países no leste, ambos os lados esgotaram todas as suas forças e recursos. Sem outra alternativa, as duas potências concordaram com um armistício. Um ano depois, a princesa Elina desapareceu. Ela estava viajando no leste de cidade em cidade, explorando campos de batalha e visitando veteranos de guerra. Seu rastro desapareceu em uma pequena cidade perto da linha de frente. Ninguém sabia o paradeiro dela! A Aliança Oriental queria evitar o envio de um grande exército para a frente. Tal movimento seria um erro político, quebrando o armistício e provocando hostilidades. Tornou-se impossível realizar uma busca em larga escala por Elina. O tempo passou... sem sinal da princesa. A irmã de Elina, Princesa Nina, finalmente se decidiu. Ela parte em uma jornada em busca de sua irmã – sozinha.