Lufia II: Rise of the Sinistrals serve como uma prequela de Lufia & the Fortress of Doom, desdobrando seus eventos noventa e nove anos antes. A narrativa investiga as origens dos antagonistas da série, os Sinistrals, um grupo de super-humanos. Os jogadores assumem o papel do ancestral de Maxim, o protagonista do primeiro jogo, enquanto ele embarca em uma missão depois de encontrar Iris, uma mulher misteriosa. Maxim procura outros heróis para unir forças para impedir que os Sinistrals causem estragos e destruam o mundo. Como seu antecessor, Rise of the Sinistrals segue o formato de RPG baseado em turnos ao estilo japonês com uma infusão de elementos de quebra-cabeça. O jogo incorpora quebra-cabeças intrincados em seus designs de masmorras, exigindo que os jogadores usem vários itens e acessórios para resolver. Além disso, introduz o sistema "Monstros Cápsula", permitindo que monstros invocados participem de batalhas. Essas criaturas evoluem através do consumo de armas, armaduras ou frutas especiais. Ao contrário do primeiro jogo, as masmorras em Rise of the Sinistrals carecem de batalhas aleatórias, com os inimigos se movendo visivelmente na tela.