UFO: Aftershock é o segundo de uma série de RPGs de estratégia tática baseada em esquadrões de três jogos claramente inspirada nos jogos X-COM originais, com temas e jogabilidade semelhantes, mas com seu próprio giro de horror pós-apocalíptico no conceito. O jogo é renderizado em 3D isométrico e, ao contrário de seu antecessor baseado em turnos, apresenta combate tático em tempo real com pausa. É o ano de 2054. Cinquenta anos após o desastre. Cinquenta anos depois que a superfície da Terra se tornou inabitável. Recuando para o paraíso voador dos Laputa, os remanescentes da humanidade se agarraram à existência. Então, uma revolta contra a liderança humana cada vez mais rígida e corrupta dos Laputa se transformou em um conflito que destruiu a colônia. Agora, os sobreviventes restantes fogem mais uma vez. Eles podem recuperar a Terra das forças desconhecidas que os perseguiram nos céus?

Depois que o sistema de suporte de vida na Laputa (estação espacial orbital/cidade) falha, os povos da Laputa se revoltam contra o Conselho Humano, e um conflito armado se segue. Como resultado, os motores da Laputa explodem e a cidade é destruída, matando quase todos. Os poucos sobreviventes escapam em ônibus espaciais e encontram outro Laputa deserto no espaço. Esta Laputa está equipada com uma cápsula de pouso para a Terra, supostamente perdida há muito tempo. Agora você lidera os sobreviventes remanescentes da Laputa e restabelece o contato com a Terra e os mistérios internos.