UFO: Afterlight é o terceiro de uma série de RPGs de estratégia tática baseada em esquadrões de três jogos claramente inspirada nos jogos X-COM originais, com temas e jogabilidade semelhantes, mas com seu próprio giro de horror pós-apocalíptico no conceito. O jogo é renderizado em 3D isométrico e apresenta combate tático em tempo real com pausa. UFO: Afterlight nos leva a Marte, onde uma colônia humana foi construída com a ajuda dos Reticulanos não muito antes dos eventos de UFO: Aftershock. A base marciana é auto-sustentável e fornece todas as necessidades para a sobrevivência dos seres humanos em um planeta estrangeiro, principalmente ar respirável, água e alimentos. Embora as pessoas que habitam esta colônia tenham as tecnologias e o conhecimento necessários para seu desenvolvimento futuro, a sobrevivência básica é sua principal preocupação. Sua única atividade é a pesquisa de um local de escavação nas proximidades, o que prova a existência de uma civilização alienígena antiga, inteligente e altamente desenvolvida.

A história está situada em Marte. Começa onde UFO: Aftermath parou e corre simultaneamente com UFO: Aftershock. Enquanto os Laputans na Terra estão lutando contra Wargots e Starghosts e descobrindo o que causou a destruição de seu planeta natal, uma pequena colônia em Marte está tentando sobreviver e florescer. O jogador ganhará mais detalhes sobre as atividades de organismos intergalácticos, chamados Myrmecols, no sistema solar. A pesquisa científica e a comunicação com diferentes facções na Terra lhe dão uma perspectiva diferente sobre os eventos das duas sequências anteriores. Em UFO: Afterlight, os jogadores se encontrarão com novas tecnologias, ambientes incomuns e inimigos antigos e desconhecidos.