Relatórios de inteligência indicam que um homem que se autodenomina Dr. Mangle é responsável pelos mutantes e pela destruição do Metrô. Você terá que lutar contra os níveis repletos de mutantes malignos e guardas robóticos para finalmente se infiltrar na fortaleza de Mangle e derrotá-lo. Você pensa para si mesmo que esta será a missão mais perigosa da sua vida. Snake Logan é um especialista em armas e usa várias ao longo do jogo, incluindo uma metralhadora de alta potência e granadas.