O jogo é a sequência do R-Type, que foi lançado pela primeira vez como um jogo de arcade em 1987 e influenciou profundamente os jogos de tiro posteriores com seus tiros de carga, armas únicas e inimigos grotescos. A Hudson Soft portou os 4 níveis posteriores do R-Type original para o PC Engine com o título R-Type II, mas a versão Hudson não está relacionada ao jogo descrito neste artigo. O jogador controla uma nave chamada R-9C (ou R-9 Custom), que é uma versão melhorada da nave de seu jogo antecessor; a R-9. O projeto do navio foi ligeiramente alterado e o canhão de ondas recebeu recursos de localização. Dois novos tipos de armas (o Laser de Busca e o Laser de Espingarda) foram adicionados, elevando o número total de tipos de armas para cinco. Uma nova bomba de unidade anti-terra também foi adicionada ao inventário de mísseis. Embora o número de níveis tenha diminuído em relação à prequela, o número de inimigos, sua durabilidade e o número de balas disparadas aumentaram muito. Os movimentos e o terreno do inimigo também ficaram mais complicados, aumentando consideravelmente a dificuldade do jogo. O mesmo sistema de avivamento é usado como na prequela, onde o jogador é trazido de volta a um posto de controle sempre que sua nave é destruída. Os controles são praticamente inalterados do R-Type, onde o joystick de 8 vias controla o movimento do navio, e o botão de disparo dispara o feixe principal do navio. O outro botão é usado para equipar ou desequipar a Força; a inovação mais incomum da série. Pressionar o botão de disparo faz com que o medidor de feixe azul encha e liberar o botão faz com que um feixe de onda percorra uma certa distância, dependendo do período de tempo em que o botão foi pressionado. Se o botão for pressionado até que o medidor azul esteja totalmente carregado, um medidor vermelho aparecerá e será preenchido rapidamente. Encher o medidor vermelho faz com que ele pisque em azul e vermelho, soltando o botão de disparo neste ponto dispara um feixe ainda mais poderoso. Ao contrário do feixe normal que só viaja em linha reta, o recém-adicionado feixe de Laser Espingarda explode em várias direções depois de viajar uma curta distância. Este tiro causa dano pesado se o jogador puder atingir um único inimigo com ele. No entanto, manter o botão pressionado após o medidor piscar faz com que o feixe retorne ao feixe transversal normal (o medidor alterna entre piscar e retornar ao estado normal enquanto o botão é pressionado), então o jogador deve soltar o botão no momento certo para atingir inimigos com sucesso. O outro feixe recém-adicionado, o Search Laser, é semi-homing e pode dobrar em ângulos de até 45°.