Jogo de aventura indie cheio de humor criado pelos criadores do Machinarium. Como nos jogos anteriores da Amanita Design, em Botanicula o jogador controla um protagonista (ou vários protagonistas) enquanto explora o ambiente, resolve quebra-cabeças e coleta itens necessários para os obstáculos que surgem em seu caminho. O jogador é capaz de interagir com outras criaturas e encontrar ovos de páscoa que estão presentes no ambiente exuberante. Como Machinarium, o jogo não tem diálogos falados ou escritos.

Botanicula segue a aventura de cinco criaturas botânicas (chamadas Sr. Lanterna, Sr. Galho, Sr. Cabeça de Papoula, Sr. Pena e Sra. Cogumelo) que estão tentando salvar a última semente de sua árvore natal de criaturas parasitas malignas que infestaram sua casa.