Samorost 3 é um jogo de aventura e quebra-cabeça de exploração dos premiados criadores de Machinarium e Botanicula. Viaje pelo espaço para nove mundos únicos repletos de desafios coloridos, criaturas e surpresas para descobrir, trazidos à vida com belas obras de arte, som e música.

Samorost 3 começa quando uma flauta mágica cai perto da casa do Gnomo. O Gnomo decide descobrir de onde veio e parte em uma jornada pelo cosmos. Ele fala com um engenheiro e pede que ele construa um foguete de cogumelo, que ele constrói reutilizando partes encontradas espalhadas em seu planeta natal. O Gnomo voa de planeta em planeta e encontra várias criaturas a quem ele ajuda com seus problemas usando a flauta. O Gnomo eventualmente descobre dois livros ilustrados e descobre que a flauta pertence a quatro monges. Não muito tempo atrás, os monges estavam todos em paz, até que um polvo espacial laranja gigante chegou de um buraco de minhoca negro e começou a consumir planetas. Os monges viram o polvo chegando e consultaram um engenheiro (o mesmo do planeta natal do Gnomo) para construir uma espaçonave regadora de três cabeças controlada pelas flautas nas costas das quais eles podem voar, e um cavaleiro mecânico alimentado por um orbe negro com o qual lutar contra o polvo e salvar o universo. O cavaleiro desmembra e mata o polvo, então o cavaleiro vai dormir em uma lua, e o orbe é trancado e protegido por um monge guardião. No segundo livro, um dos quatro monges usa sua flauta para criar espíritos malignos, e os outros três monges o banem por isso. Ele secretamente pega a espaçonave e a converte em um dragão mecânico cuspidor de fogo de três cabeças. Voando no dragão, ele arrebata as outras três flautas dos monges e expulsa os monges de seu castelo na montanha. No entanto, uma das flautas voou para longe, e esta é a flauta que pousou no planeta do Gnomo. Ele então usa o dragão para consumir bons espíritos que encontra em outros planetas e, em seguida, agarra a esfera negra para que o cavaleiro não possa ser despertado. O Gnomo finalmente chega ao planeta dos monges, rouba furtivamente a esfera negra do monge maligno e a usa para reviver o cavaleiro mecânico que então mata o dragão e presumivelmente mata o monge maligno no processo. O Gnomo comemora tocando música com os três monges restantes, que o recompensam com o poder de viajar instantaneamente por todos os planetas e devolvem a esfera negra ao seu depósito protegido. O Gnomo finalmente retorna ao seu planeta natal para cumprimentar seu cachorro.