O Código Da Vinci é um jogo de ação e aventura que combina resolução de quebra-cabeças com elementos de luta e furtividade, a escolha entre os dois últimos é deixada principalmente para o jogador. O jogo alterna entre controlar os personagens principais do romance, Robert Langdon e Sophie Neveu, e oferece um enredo que diverge do enredo do romance em muitos aspectos.

O jogo começa com Silas (dublado por Phil LaMarr) sentado em seu quarto, apertando um cilício de metal espetado em volta da perna. Ele então pega uma pistola e sai. O jogo corta para Robert Langdon (Robert Clotworthy), professor de simbologia de Harvard em Paris para uma palestra, chegando ao Louvre, onde foi convidado a ver uma cena de crime pelo CPT. Bezu Fache (Enn Reitel). Jacques Saunière (Neil Ross), amigo de Langdon e curador do museu, foi assassinado. Em flashback, Silas é mostrado perguntando a Saunière onde algo está. Saunière diz a ele, e Silas responde: "Eu acredito em você. Os outros me disseram o mesmo", antes de atirar nele. No museu, Fache mostra a Langdon que, antes de morrer, Saunière escreveu uma cifra numérica e uma mensagem: "Ó Diabo Draconiano! Oh Santo Coxo! " em tinta de luz negra. Neste ponto, chega Sophie Neveu (Jennifer Hale), integrante do departamento de criptografia, explicando que a cifra faz parte da sequência de Fibonacci, embora os números estejam fora de ordem. Ela então diz secretamente a Langdon que ele está em perigo, pois Fache acha que ele é o assassino. Nos banheiros, ela revela que a polícia plantou um dispositivo de rastreamento GPS em Langdon. Neveu diz a ele que também escritas em tinta de luz negra estavam as palavras "PS. Encontre Robert Langdon. " Ela explica que Saunière era seu avô e "PS" era seu apelido para ela; "Princesa Sophie. " Ela acredita que Saunière incluiu a cifra numérica na mensagem para garantir seu envolvimento no caso. Langdon joga o dispositivo GPS em um carro que passa, e a maioria da polícia deixa o museu para seguir. Ele e Neveu retornam ao corpo, e Langdon percebe que os números estão fora de sequência para dizer que as letras também estão fora de sequência; as palavras são anagramas. Ele decifra "Draconian Devil" como "Leonardo da Vinci" e "Oh Lame Saint" como "The Mona Lisa". Enquanto se dirigem para a pintura, Langdon especula que "PS" também poderia se referir ao Priorado de Sião. Sua teoria é reforçada quando Neveu se lembra de ver as letras junto com uma flor-de-lis quando era criança; "PS" combinado com uma flor-de-lis é o brasão de armas do Priorado. Na Mona Lisa, eles encontram uma cifra de substituição escrita em tinta de luz negra no vidro ao redor da pintura. As pistas os levam ao escritório de Saunière, onde ouvem uma mensagem em que a Irmã Sandrine de Saint-Sulpice diz a Saunière "o chão está quebrado e os outros três estão mortos. - Uma janela é ouvida quebrando e um homem diz: - Seu destino foi selado no momento em que você enfrentou Manus Dei. " Como eles continuam a seguir as pistas deixadas por Saunière, eventualmente Neveu conclui que eles devem ir para seu castelo. Ela e Robert se separaram enquanto ela se dirigia para o castelo e ele para Saint-Sulpice. Uma vez lá, ele encontra um monge atacando uma jovem freira. Ele derruba o monge, e a freira, Irmã Marguerite (Jane Carr), diz-lhe que Sandrine está morta, morta por Silas, que estava à procura de algo que Sandrine se recusou a dar-lhe. Ele saiu momentos antes dos monges chegarem, que pareciam estar tentando apagar evidências de suas ações. Langdon conclui que os monges são membros do Sanctus Umbra, um subgrupo militante do Manus Dei. Langdon examina o chão quebrado na base do Gnômon de Saint-Sulpice e encontra uma tábua de pedra com Jó 38:11 inscrito nela; "Até agora virás, mas não mais. " Ele deduz que Silas foi enganado por Saunière e os outros. Ele vai para a cripta, onde encontra uma lista de Grão-Mestres do Priorado, descobrindo que Saunière era o atual Mestre. Enquanto isso, no castelo, Neveu segue para a gruta subterrânea de Saunière. Ela foge de Silas e da polícia e segue uma série de pistas para encontrar uma chave com o endereço do Banco Depositário de Zurique. Encontrando-se com Langdon, eles vão para o banco, onde abrem o cofre de Saunière, encontrando um criptex. Eles então se dirigem ao Château Villette, a residência de Sir Leigh Teabing (Greg Ellis), amigo de Langdon e um dos maiores especialistas do mundo sobre o Santo Graal. Teabing e Langdon explicam a Neveu que o Graal não é uma xícara, mas uma referência a uma mulher. Olhando para A Última Ceia de Da Vinci, Teabing explica que a imagem de João é na verdade Maria Madalena, com quem o Jesus histórico foi casado. Esse casamento foi suprimido pela Igreja primitiva, que precisava que seus seguidores acreditassem que Jesus era divino. Teabing explica que o cálice que continha o sangue de Cristo, o Santo Graal da lenda, era a própria Maria, pois estava grávida do filho de Jesus. Neste ponto, Silas chega, revelando que assassinou Saunière sob as ordens do "Professor. " Langdon e Neveu o incapacitam, e com Teabing e seu servo Remy (Andres Aguilar), eles vão para Londres, levando o inconsciente Silas com eles. Desembarcando em Biggin Hill, eles vão para a Igreja do Templo. Langdon e Teabing entram, mas no pátio, Neveu vê Remy traí-los e envia uma gangue de bandidos atrás deles. Langdon acorda em uma masmorra, mas consegue escapar e se encontra com Neveu. Ele diz a ela que Remy está mantendo Teabing como refém para usá-lo como moeda de troca para o criptex. Dentro da igreja, Remy e Silas confrontam Langdon e Neveu, que fogem e vão para a Abadia de Westminster, onde Teabing está detido. Uma vez lá, eles decidem que devem resolver o criptex para negociar a vida de Teabing. Seguindo uma série de pistas deixadas por Saunière, eles o fazem, mas antes que possam abri-lo, eles são capturados por Remy. Ele os leva para Teabing, que se revela como O Professor. Ele atira em Remy, pois ele não precisa mais dele, e revela que Silas acaba de ser preso pelos recentes assassinatos. Ele diz a Langdon e Neveu que o Priorado deveria tornar público o conteúdo do criptex na véspera do Novo Milênio, mas Saunière decidiu contra isso. Como tal, Teabing determinou revelar os documentos pessoalmente. Ele pede a Langdon e Neveu que se juntem a ele para revelar a verdade sobre Maria Madalena, mas eles se recusam e Langdon destrói o criptex. Teabing é preso enquanto lamenta que a verdade esteja perdida para sempre. No entanto, Langdon removeu o documento antes de destruir o dispositivo. Seguindo a pista contida dentro, ele e Neveu vão para a Capela Rosslyn. Lá, eles encontram uma árvore genealógica para a família Saint-Clair, que remonta à dinastia merovíngia. Em uma série de documentos, eles descobrem que, quando a família de Sophie foi morta em um acidente de carro, reportagens de jornais disseram que toda a família foi morta; mãe, pai e dois filhos. Os relatórios também afirmam que o nome da família era Saint-Clair. Langdon percebe a verdade; Neveu sobreviveu ao acidente e o Priorado divulgou a história de que ela estava morta para protegê-la, pois ela é uma parente viva de Jesus. A avó de Neveu então chega, explicando que a família mudou seu nome para proteção. Ela apresenta Neveu a seu irmão, que também sobreviveu ao acidente; ele veio para a Escócia enquanto Neveu foi para a França com Saunière. A avó de Neveu então diz a Langdon que o Graal não está em Rosslyn, está na França. Ele percebe que a pista no criptex não apontava para Rosslyn, mas para a Linha Rosa em Paris. Ele se despede de Neveu e vai para a França, finalmente entendendo o graal sob a Pirâmide do Louvre.