Prison Break: The Conspiracy segue o agente da Companhia Tom Paxton, que se infiltra na prisão de Fox River para monitorar a tentativa de resgate de Michael Scofield de seu irmão condenado injustamente, Lincoln Burrows. Correndo paralelamente à primeira temporada da série de TV, este jogo de ação furtiva faz com que os jogadores naveguem pelos terrenos da prisão, evitando a detecção de guardas e presos hostis. Os jogadores completam várias missões envolvendo vigilância e infiltração, com a opção de se envolver em combate corpo a corpo quando confrontados por outros prisioneiros. Entre as missões, Paxton pode participar de atividades prisionais, como levantamento de peso, fazer tatuagens e participar de lutas organizadas por recompensas.