Spectrobes mistura batalha de monstros com uma experiência de RPG de ação em tempo real, para que você não apenas gerencie qual criatura está em campo e atacando, mas também administre seu personagem principal e participe de combates como uma mistura entre mecânicas de batalha de ação clássicas e algo como Caçador de Monstros leve. Armas diferentes permitem que os condutores humanos mudem de estilo e ataques elementais, para que você possa ter uma lâmina à base de folhas, uma luva elétrica, armas de canhão de longo alcance e ataques corpo a corpo mais pesados. À medida que você avança no jogo, seus Spectrobes não apenas ganharão níveis, mas seus humanos também. É um equilíbrio constante de progredir não apenas seu personagem principal, mas também todos os seus monstros. Amarre um sistema de busca e escavação para encontrar novos fósseis com novas Spectrobes e você terá um mecânico que é viciante o suficiente para manter a experiência em movimento; mesmo que os níveis em si nem sempre sejam as áreas mais inspiradas para caminhar.

A história principal segue os dois protagonistas, Rallen e Jeena, quando são enviados através de um portal que os leva a outro sistema estelar que está sendo invadido por um enorme exército de Krawl. Eles devem usar o Cosmolink, um dispositivo antigo para invocar Spectrobes, para derrotar o líder Krawl, Krux, para finalmente trazer paz ao sistema estelar de uma vez por todas.