Rage é um jogo de tiro em primeira pessoa ambientado em um futuro não muito distante depois que um asteroide atinge a Terra, deixando um mundo devastado para trás. Você emerge neste vasto terreno baldio para descobrir a humanidade trabalhando para se reconstruir contra forças como gangues de invasores, mutantes e a Autoridade – um regime governamental opressivo que tem um interesse especial em você em particular.

Em 23 de agosto de 2029, o asteroide 99942 Apophis colide com a Terra, destruindo a civilização humana e transformando o mundo em um deserto. Sobreviventes se reúnem para formar assentamentos em torno de oásis e outros locais práticos ou habitáveis, enquanto os ermos são atormentados por vários clãs de bandidos e mutantes, que atacam todos os humanos normais em uma horda voraz. Em 2135, o ex-tenente da Marinha dos EUA Nicholas Raine emerge de um abrigo subterrâneo chamado Arca, 106 anos depois de ser colocado em estase. Esses abrigos subterrâneos são o resultado direto do Projeto Éden, um enorme empreendimento internacional no qual centenas de Arcas, contendo cápsulas criogênicas, foram seladas sob a superfície da Terra para preservar o suficiente da população humana para reconstruir a civilização após a colisão do asteroide. O Projeto Éden foi muito menos bem-sucedido do que o esperado, já que a Arca de Raine, em particular, foi fortemente danificada, com todos os seus outros residentes mortos e equipamentos destruídos, e ele acorda sozinho sem nenhum objetivo específico em mente. Raine entra na superfície, onde é imediatamente atacado por bandidos, mas é salvo por Dan Hagar, um colono local que leva Raine ao seu assentamento. Hagar informa que uma poderosa organização tecnologicamente avançada conhecida como Autoridade, que se considera o único verdadeiro governo da terra devastada, está caçando sobreviventes da Arca para um propósito desconhecido. Raine ajuda brevemente o assentamento de Hagar e outros na área local, completando alguns pequenos trabalhos, e durante esse tempo é revelado que os nanotritos injetados no sangue de Raine antes de ele ser enviado para a hibernação lhe concederam habilidades sobre-humanas para ajudá-lo a sobreviver ao ambiente hostil, mas o tornaram valioso para a Autoridade. Hagar acredita que a presença contínua de Raine é muito perigosa para o assentamento e o envia para a cidade vizinha de Fonte. Em Fonte, Raine ajuda a cidade com vários problemas, como lutar contra bandidos, mutantes e transportar suprimentos. Eventualmente, ele entra em contato com o Dr. Kvasir, um cientista idoso que já trabalhou para a Autoridade, conta a Raine sobre os experimentos desumanos pelos quais eles eram responsáveis, como a criação dos mutantes. Kvasir o coloca em contato com a Resistência, um grupo armado anti-Autoridade, onde ele é encarregado de resgatar seu líder, o Capitão Marshall, que recentemente foi preso pela Autoridade. Raine novamente atrai a atenção da Autoridade, forçando-o a fugir da Fonte e se juntar à Resistência em sua sede na Cidade do Metrô, onde ele ganha a confiança da cidade e de seu tirânico prefeito, Redstone. Ele também aprende o que aconteceu no século passado com o Capitão Marshall, que é um sobrevivente da Arca. O General Martin Cross, que estava no comando do Projeto Éden, sabotou a operação pouco antes de 99942 Apophis atingir a Terra, garantindo que apenas as Arcas com pessoas leais a ele fossem abertas dentro do cronograma, com esta primeira onda de sobreviventes da Arca eventualmente formando a Autoridade. As Arcas restantes deveriam permanecer no subsolo para sempre em hibernação, incluindo a Arca de Raine, que veio à tona apenas porque seus sistemas foram danificados e subiu automaticamente para proteger quaisquer habitantes sobreviventes. Com a Autoridade começando a expandir à força sua influência sobre os assentamentos de terras devastadas, a Resistência é forçada a agir com a ajuda de Raine, que pode recuperar dados que mostram a localização de cada Arca no planeta. O Capitão Marshall planeja usar esses dados para ativar todas as Arcas e formar um exército que possa derrotar a Autoridade, mas a única maneira de fazer isso é transmitir os dados da Capital Prime, a sede principal da Autoridade. Sozinho, Raine luta contra Capital Prime para transmitir o código de ativação da Arca, e o jogo termina com todas as Arcas restantes se tornando simultaneamente ativas e emergindo.