Toda a equipe de esgoto, exceto Michelangelo, é capturada em um esconderijo hediondo. Quem poderia estar por trás dessa farsa? Quem mais. Shredder retornou como Cyber Shredder - metade homem, metade máquina e ele criou esta casa divertida e sinuosa de tortura de Tartaruga. Use Turtle strategy and all new moves to help Michelangelo rescue the gang from Cyber Shredder's Fortress.

O jogador começa o jogo assumindo o controle de Michaelangelo, que deve resgatar as outras tartarugas, junto com Splinter e April O'Neil, que foram sequestradas por Shredder. Ao contrário de outros jogos baseados na franquia, este é um jogo de ação e aventura que lembra Metroid, The Goonies II, da Konami, e mais tarde Castlevania: Symphony of the Night. Cada tartaruga tem uma habilidade diferente que é necessária para terminar o jogo. Michaelangelo pode pairar usando seus nunchakus como helicóptero, Leonardo pode perfurar o chão girando com sua katana, Raphael pode se esconder dentro de sua concha para entrar em passagens que, de outra forma, são pequenas demais para entrar e Donatello pode se agarrar e escalar paredes. Os chefes são Scratch, Dirtbag, um Triceraton, Scale Tale e Shredder (neste jogo conhecido como Cyber-Shredder).