A sequência do beat 'em up atualizado de 2003, Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus coloca o quarteto de tartarugas em outra aventura da segunda temporada da série, desta vez permitindo que toda a equipe trabalhe em conjunto através de um modo multiplayer para 4 jogadores. Cada tartaruga agora tem sua própria habilidade única e movimentos de luta especiais que se encaixam em sua personalidade: como operar interruptores e computadores, ou mover ou destruir objetos estacionários. No modo single-player, os jogadores podem trocar de tartaruga em tempo real para realizar as várias tarefas. Ao longo de alguns níveis, as tartarugas também têm seções de corrida em vários terrenos. À medida que os jogadores progridem no jogo, eles podem encontrar itens secretos, habilidades e power-ups, incluindo o jogo arcade original Teenage Mutant Ninja Turtles do final dos anos 80.

O jogo começa com uma batalha com o Clã Foot e Hun no arranha-céu de Oroku Saki. O Pé é derrotado e o Mestre Splinter desaparece misteriosamente. As Tartarugas perseguem a trilha até um prédio marcado "T. C. R. I. ", que prova esconder um segredo bizarro sob seu exterior inócuo: seus funcionários são membros de uma raça alienígena semelhante a um cérebro, os Utroms. Enquanto lutam contra esses novos inimigos estranhos, as Tartarugas são acidentalmente teletransportadas para diferentes pontos da galáxia, encontrando o Professor Fugitoide Honeycutt em D'Hoonib, e acabam como fogo cruzado na guerra entre os Triceratons e a Federação - ambos os lados estão atrás do Fugitoide por sua tecnologia. Ao longo do caminho, eles se deparam com um caçador de recompensas intergaláctico chamado Slashuur. Dito ser o caçador de recompensas mais poderoso do universo, Honeycutt ouviu lendas sobre ele quando criança. Ironicamente, é de Honeycutt que Slashuur está atrás, tendo sido contratado pelos Triceratons para capturá-lo. Depois que as Tartarugas o derrotaram, Slashuur revela que ele tem conhecimento de Hamato Yoshi antes de se despedir. Antes de escapar do Mundo Natal Triceraton, as Tartarugas fazem amizade e libertam um nobre guerreiro Triceraton que foi forçado a lutar como gladiador, Traximus. Ao retornar à Terra e ao edifício T. C. R. I., é revelado que os Utroms resgataram um Splinter ferido e estavam cuidando dele. Os Utroms colocam o TMNT e o Splinter em uma máquina de realidade virtual para explicar melhor suas origens. Centenas de anos atrás, os Utroms estavam viajando pela galáxia, transportando um desonesto assassino de sua espécie, Ch'rell. Sua nave cai na Terra no país do Japão. Ch'rell escapa, enquanto os Utroms são forçados a esperar que a tecnologia da Terra alcance a deles, para que possam voltar para casa. Algum tempo depois, depois que os Utroms recrutaram a ajuda de alguns humanos como Guardiões Ninja, os Utroms são emboscados por um senhor da guerra fortemente blindado conhecido como O Destruidor. Enquanto isso, no mundo real, Baxter Stockman sabota a máquina de realidade virtual, e os perigos dentro dela são apresentados como reais para as Tartarugas e Splinter. Depois de derrotar Shredder e seu Feudal Foot Ninja, a Tartaruga se encontra com o Utrom Mortu, que lhes dá um dispositivo que lhes permite retornar ao mundo real. Infelizmente, quando chegam lá, encontram o Destruidor e o Pé atacando o edifício T. C. R. I. Durante a luta, um dispositivo de destruição orgânica é plantado e os Utrom escapam através de seu Transmat. As Tartarugas derrotam o Destruidor antes que ele possa persegui-los, e é revelado que este Destruidor não é apenas o mesmo que eles viram no Japão Feudal, mas ele também é o maligno Utrom Ch'rell! As Tartarugas escapam do prédio antes que o dispositivo dispare, mas Ch'rell não tem tanta sorte. As Tartarugas mais tarde encontram um gigantesco jacaré antropomórfico nos esgotos com o nome de Cabeça de Couro. Depois de uma briga, Cabeça de Couro percebe que ele e as Tartarugas estão do mesmo lado. Ele conta sua própria origem; que ele já foi um jacaré bebê, encontrado por um Utrom e adotado. Cabeça de Couro entrou em contato com um pouco de Lodo Retromutágeno e se tornou como ele é atualmente, assim como as Tartarugas. Ele morava com os Utroms, considerando-os sua família. Quando o T. C. R. I. prédio explodiu, ele fugiu para os esgotos e passou a residir no antigo covil das Tartarugas, tentando construir uma Transmat própria para seguir os Utroms. Infelizmente, é revelado que seu parceiro neste empreendimento não era outro senão Baxter Stockman, fingindo aliança com os Utroms. Baxter, percebendo que seu gabarito estava levantado, jogou um tanque químico e fugiu, fazendo com que o teto do covil de Cabeça de Couro desmoronasse. Cabeça de Couro pede a seus novos amigos que escapem enquanto ele segura os escombros em colapso. As Tartarugas escaparam bem a tempo de ver o teto desmoronar em sua totalidade em Cabeça de Couro.