A estação espacial Europe-1 foi invadida por alienígenas. Durante uma das lutas, o sistema de resfriamento nuclear foi danificado, resultando em um colapso em poucas horas. Sua missão, como uma equipe de cinco das pessoas mais difíceis do Corpo, é se infiltrar e ganhar o controle da Europa-1. You must sweep the entire station clean of aliens. Tolerância Zero é um jogo de tiro em primeira pessoa. É necessário que você mate todos os alienígenas em cada um dos níveis (daí o nome). Os cinco membros da sua equipe, que têm habilidades diferentes, começam com armas diferentes e são suas cinco chances de superar isso.