Minecraft: Story Mode - Season Two continues Jesse's saga in a five-part, narrative-driven, episodic game series developed by Telltale in collaboration with Mojang and members of the Minecraft community. Though players' choices from the first season will carry over into season two, this new season will be accessible to both returning fans and newcomers alike. This second season will also include Telltale's unique multiplayer 'Crowd Play' feature, which allows friends and family to engage with the adventure together by helping to decide the direction of the story from any mobile device with an online connection. Now that Jesse and the gang have vanquished the Wither Storm, saved the world, and become totally super famous heroes, life has gotten a bit more... complicated. With more responsibilities and less time for adventure, old friendships have started to fade -- at least until Jesse's hand gets stuck in a creepy gauntlet that belongs to an ancient underwater temple. Together with old pals and new comrades alike, Jesse embarks on a brand new journey filled with tough choices, good times, and at least one temperamental llama.

Radar, o novo estagiário de Jesse, notifica Jesse sobre uma próxima aventura com Petra. Jesse ajuda os cidadãos a se prepararem para o Dia da Fundação antes de conhecê-la. Seu local de encontro se autodestrói para revelar um poço sem fundo, apelidado de "boca do inferno", onde Jesse encontra uma misteriosa luva Prismarine que fica presa em suas mãos; mas eles conseguem escapar. Petra encontra Jack, um herói que pode ajudar Jesse a remover a luva e fechar a boca. Jack revela que a manopla é rastreada até um Monumento Oceânico e que um "Bloco de Estrutura" pode fechar o poço. Jesse convence Jack e seu amigo aldeão Nurm a levá-los e a Petra até lá. No centro do monumento, depois que Jesse liberta o velho amigo de Jack, Vos, e coleta um Bloco de Estrutura, o Administrador aparece como um Colosso Prismarine e tenta matá-los, mas eles e seus companheiros escapam. Depois que Jesse derrota sua forma Colossus, o Administrador retorna como um boneco de neve e desafia o grupo de Jesse a recuperar o relógio (mais tarde destruído por Petra ou Jack) em seu palácio de gelo, para onde eles então se dirigem, mais tarde acompanhado pela chamada "rival" de Jesse, Stella, e sua lhama de estimação, Lluna. No entanto, Vos revela ter sido o Administrador o tempo todo, e ele aprisiona Jesse e a pessoa que não destruiu o relógio, enquanto a pessoa que o fez recebe a luva transferida para sua mão e é desviada. O Administrador teletransporta Jesse, Jack/Petra, Radar e o amigo aldeão de Jack, Nurm, para o Sunshine Institute, uma prisão cheia de pessoas que o Administrador enviou. Jesse e Jack/Petra tentam fugir, mas um Golem da Prisão os repreende e os nocauteia. Jesse acorda no escritório do Diretor. Lá, Jesse tem a opção de trabalhar para o Diretor e salvar Radar, que está à beira de sufocar até a morte, ou resistir. Depois de aprender mais, o grupo descobre um prisioneiro perigoso conhecido como Prisioneiro X. O Administrador chega à prisão antes que Jesse tenha a chance de descer, rebaixa o Diretor para um prisioneiro e faz Petra/Jack lutar com Jesse. Ambos tentam cortar o Administrador, mas ele os impede e revoga Petra/Jack do desafio antes de abandonar o instituto e assumir a identidade de Jesse. Então, Jesse chega ao Prisioneiro X e depois de discutir, ela revela que seu nome é Xara e o nome do Administrador é Romeu. Xara concorda em ajudar Jesse e o resto do grupo, mas sua prisão está equipada com TNT e placas de pressão, se não houver ninguém em pé sobre elas, a sala explodirá. Jesse então deve deixar Nurm ou Lluna para trás para escapar. Depois de sair e se armar, o Diretor revelou que Xara era uma ex-administradora e Romeu tirou seus poderes, antes que Xara o matasse e ajudasse a levar o grupo para o Subterrâneo, abaixo da rocha. Jesse descobre com Xara que ela e Romeu não eram os únicos administradores; havia um terceiro chamado Fred que havia criado uma arma que poderia despojar Romeu de seus poderes. Romeu descobriu e matou Fred, mas não antes de este esconder a arma em algum lugar. Xara concorda em ajudar a consertar o portal em sua antiga cidade, o Oásis, enquanto Jesse, Petra e Radar vão para a Fortaleza de Fred, onde encontram as pessoas que vivem lá e encontram uma pista que sugere que a arma pode estar localizada em Romeoburg. Antes de chegar, eles são recebidos por Ivor, que concorda em ajudar Jesse antes de sair. Depois de concluir um teste em Romeoburg, eles encontram um diário que contém uma senha: "#POTATO451". De volta ao Oásis, Jesse tem a opção de devolver a cama a Xara, e se o fizerem, ela fica para trás para ajudar a conter os monstros invasores. Independentemente disso, Jesse é forçado a escolher entre deixar Radar aparentemente se sacrificar para distrair um Enderman gigante ou deixar o povo de Fred para morrer. Depois de voltar para casa, Jesse, Petra e Jack elaboram um plano para combater Romeu. Se Jesse desse a cama a Xara, Romeu destruiria a Cidade Campeã vizinha, mas se Jesse não desse a cama a Xara, ela tentaria atacar Romeu apenas para ser estrangulada até a morte. É revelado que Ivor conseguiu libertar Nurm ou Lluna da prisão. Com a ajuda de Lukas, eles chegam ao "Espaço Terminal", a casa do Administrador. Jesse, Jack e Petra chegam ao Espaço Terminal, com Jesse coletando a luva de Fred depois de inserir a senha e lutar contra Romeu. Jesse usa com sucesso a luva para despojar Romeu de seu poder. Jesse então tem a opção de levar Romeu de volta para a redenção ou deixá-lo à sua sorte, e se eles escolheram resgatar o povo de Fred, então Radar chega para salvá-los; se não, Romeu distrai os monstros do Espaço Terminal para Jesse e seus amigos escaparem. A escolha final de Jesse envolve eles escolherem deixar Beacontown e ir em aventuras com Petra, ou permanecer como prefeito.