Andorogynus é um tiroteio de cima para baixo. O jogador controla o herói titular (ine), atirando em inimigos constantemente atacando. Ao contrário da maioria dos jogos do tipo, a tela rola para baixo em vez de para cima. O protagonista é equipado com um único tiro padrão e tem esferas de proteção girando em torno desse dano a inimigos próximos. A arma pode ser aprimorada (fogo rápido, fogo de três vias, etc. ) coletando power-ups descendentes aleatórios. O jogador controla a encarnação masculina do protagonista inicialmente, mas depois muda para a feminina.

Em nosso universo, matéria e antimatéria coexistem uma com a outra. No entanto, a prevalência da antimatéria pode criar caos e, eventualmente, interromper o fluxo normal das coisas. Em um canto de um universo, uma concentração de antimatéria levou à criação de uma estrela inteira, criando formas de vida que ameaçam destruir o mundo. Os seres humanos, em um esforço para salvar o universo, criaram o poderoso Andorogynus - uma forma de vida capaz de ser macho e fêmea ao mesmo tempo - e o enviaram em uma missão para destruir a criação da antimatéria.