MPO é o quarto título de Metal Gear feito especificamente para o PSP e o primeiro a manter a mecânica de jogo baseada em ação da série. É o primeiro lançamento canônico da série Metal Gear Solid para uma plataforma portátil, seguindo o enredo de Metal Gear Solid 3: Snake Eater. Situado na Colômbia em 1970, seis anos após os eventos de Snake Eater, o jogo segue as façanhas de Naked Snake depois que sua antiga unidade, FOX, se torna renegada. O jogo também narra a eventual fundação da FOXHOUND e dos Patriots, bem como a inspiração do estado militar Outer Heaven. Metal Gear Solid: Portable Ops recebeu críticas altamente positivas dos críticos e é frequentemente visto como um dos melhores jogos lançados para o PSP. Foi elogiado por seus visuais, uso de elementos de Metal Gear e história, enquanto as críticas foram direcionadas ao esquema de controle do jogo.

Portable Ops se passa em 1970, seis anos após Metal Gear Solid 3: Snake Eater. Segue o soldado Cobra Nua (David Hayter/Akio Ōtsuka) que é forçado a lutar contra sua antiga unidade, FOX, depois que eles instigam uma revolta em uma base sul-americana. Em sua luta, ele conhece Roy Campbell (David Agranov/Toshio Furukawa), um membro sobrevivente da equipe dos Boinas Verdes que foi enviado para investigar o caso. Os ex-companheiros de equipe de Snake, incluindo seu comandante Major Zero (Jim Piddock/Banjō Ginga), Para-Medic (Heather Halley/Houko Kuwashima) e Sigint (James C. Mathis III/Keiji Fujiwara) retornam como a equipe de apoio, pois são suspeitos de traição ao lado de Snake. O principal antagonista é Gene (Steven Blum/Norio Wakamoto), o atual comandante da unidade FOX que busca estabelecer sua própria nação militar. Ele é um produto do Projeto Sucessor que visava criar artificialmente o comandante perfeito, modelado após The Boss. É assistido pelo Tenente Cunningham (Noah Nelson/Daisuke Gōri), um especialista em técnicas de interrogatório. (que mais tarde é revelado ser um agente duplo do Pentágono enviado para manchar a reputação da CIA) Gene também tem uma protegida chamada Elisa (Tara Strong/Saori Goto) que é dotada de habilidades psíquicas extraordinárias, implícitas como resultado da exposição à precipitação nuclear durante o desastre de Kyshtym. Elisa sofre de transtorno dissociativo de identidade e desenvolveu uma segunda personalidade chamada Úrsula', cujas habilidades psíquicas são mais fortes do que sua personalidade "Elisa". Como "Úrsula", ela trabalha como membro da FOX, enquanto sua personalidade "Elisa" é uma médica que cuida de Null e uma informante de Snake. Snake conhece Elisa, que inicialmente diz a Snake que ela e Úrsula são irmãs gêmeas, apenas para depois descobrir a verdade. Dois membros da FOX anteriormente associados a Snake incluem Null (Larc Spies/Jun Fukuyama), um assassino adolescente treinado para ser o soldado perfeito, e Python (Dwight Schultz/Yusaku Yara), um ex-companheiro de guerra de Snake que anteriormente foi dado como morto durante a Guerra do Vietnã. Outros personagens incluem Ghost (Brian Cummings/Naoki Tatsuta), um informante que entra em contato com Snake, revelando a existência do ICBMG, o novo protótipo de Metal Gear, Ocelot (Josh Keaton/Takumi Yamazaki), um ex-Spetsnaz Major que auxilia Gene nos bastidores, EVA (Vanessa Marshall/Misa Watanabe), um espião do ELP que ajudou Snake em Snake Eater e Raikov (Charlie Schlatter/Kenyu Horiuchi), um Major da GRU. Teliko Friedman (Kari Wahlgren/Yūko Nagashima) e Venus (Kathryn Fiore/Rika Komatsu), as heroínas de Metal Gear Acid e Metal Gear Acid 2, respectivamente, podem ser adicionadas ao time do jogador: completando certas missões secundárias ou iniciando a segunda jogada com dados salvos de seus respectivos jogos.