A primeira aventura 3-D de Kirby também é sua estréia no Nintendo 64, e encontra o herói sempre versátil lutando contra um novo inimigo chamado Dark Matter. A Matéria Negra está atrás do poderoso cristal de uma terra distante, mas uma jovem fada chamada Fita tenta salvá-la escapando com a joia para a Terra dos Sonhos. Agora o cristal foi quebrado e está espalhado pelo mundo. Assuma o controle de Kirby e ajude-o a viajar por seis mundos, lutando contra uma grande variedade de inimigos e chefes desafiadores, enquanto ele tenta coletar todas as 100 peças do cristal quebrado.

No planeta de Estrela Ondulante, vive um grupo de fadas gentis e pacíficas. O próprio planeta é protegido do perigo pelo poder do grande Cristal, que vigia a Estrela Ondulante. Esse poder, no entanto, chama a atenção da Matéria Negra, que deseja usar o grande Cristal para sua própria agenda maligna. Seus gigantescos ataques em massa e buscas pelo Cristal, escurecendo o céu e fazendo as fadas entrarem em pânico. Em resposta à ameaça que a Matéria Escura apresenta, a rainha da Estrela Ondulante ordena que uma fada chamada Fita leve o Cristal para um lugar seguro. A Fita tenta voar com o Cristal a reboque, mas é interrompida por três orbes enviados pela Matéria Negra. O Cristal se quebra em 74 fragmentos, espalhados por vários planetas, e a Fita cai no Planeta Popstar. Kirby encontra um fragmento e o entrega a Fita, então os dois partem para encontrar os outros. Assim que Kirby e seus amigos coletam cada fragmento de cristal e derrotam a Matéria Milagrosa, a Matéria Escura foge da Estrela Ondulante e explode. A vitória é interrompida, no entanto, quando o Cristal detecta uma poderosa presença de energia da Matéria Negra dentro da Rainha das Fadas e a expulsa dela, manifestando-se sobre o planeta para criar a Estrela Negra. Kirby e seus amigos se infiltram em Estrela Negra, e o Rei Dedede os lança para o desafio 02. Kirby e Ribbon, armados com sua Shard Gun, destruíram 02 e a Estrela Negra.