Os Chao desapareceram e Sonic the Hedgehog e Miles "Tails" Prower imediatamente entram no caso para encontrá-los. Acontece que Eggman Nega (mais uma vez disfarçado de Doutor Eggman) roubou o Chao e os escondeu dentro de uma mansão assombrada. Seu plano é alimentá-los com uma besta interdimensional chamada "Ifrit", que precisa comê-los para se tornar invencível . Depois disso, ele planeja liberar o Ifrit no mundo para destruí-lo. No entanto, para abrir o portal para o mundo dos Ifrit, as sete Esmeraldas do Caos são necessárias. Eggman Nega contrata secretamente Rouge the Bat para coletar as Esmeraldas do Caos. A Mestre Esmeralda também desapareceu (novamente) e Knuckles, a Equidna, se junta a Rouge para encontrá-la. Enquanto isso, Silver, o Ouriço, retornou de um futuro agora arruinado causado pelo Ifrit. A fim de fazer um futuro mais feliz, ele procura e rouba os Chao que restam para escondê-los. Espio primeiro pensou que Silver estava escondendo Chao por uma causa do mal, mas Espio descobre que Silver estava tentando salvar o mundo. Então, eles trabalham juntos para salvar o mundo. O verdadeiro Dr. Eggman envia Metal Sonic para encontrar Shadow e conta a ele sobre os planos de Nega. Nega soube do Ifrit acessando os diários do Professor Gerald Robotnik, e Shadow e Metal Sonic partiram para recuperar as Esmeraldas do Caos antes dele. Eggman usa Metal Sonic como um dispositivo de comunicação para ajudar Shadow ao longo do caminho. Todas as equipes se encontram na Zona da Perseguição Mística, onde fica o portal para o mundo dos Ifrit. Apesar de Rouge coletar apenas seis das Esmeraldas, o portal se abre de qualquer maneira e Nega despacha sua nova cópia de Metal Sonic, Metal Sonic 3.0 para despertar o Ifrit. Apesar de possuir as mentes de Sonic, Tails, Knuckles e Rouge (dependendo de quem o jogador joga), o Ifrit é derrotado pelas outras equipes. Sombra e Metal Sonic derrotam o Ifrit e fecham o portal, mas eles e Eggman Nega estão presos na dimensão do Ifrit. No entanto, Metal Sonic rasga seu chassi, revelando a 7ª Esmeralda do Caos. Shadow usa a Esmeralda para se teletransportar de volta com Metal Sonic. Nega fica presa sob alguns escombros. Sonic e Tails salvam todos os Chao e os levam para um Jardim Chao e relaxam lá enquanto Knuckles encontra a Esmeralda Mestre no Detector de Esmeralda que ele e Rouge roubaram de Eggman Nega. Rouge rouba a Master Emerald e corre, e Silver retorna ao que ele espera ser um futuro feliz. Espio tem que responder a Vector, o Crocodilo, que gastou o pagamento antecipado de seu cliente em taxas de aluguel atrasadas.

The Chao have disappeared and Sonic the Hedgehog and Miles "Tails" Prower immediately get on the case to find them. It turns out that Eggman Nega (once again masquerading as Doctor Eggman) has stolen the Chao and concealed them inside a haunted mansion. His plan is to feed them to an inter-dimensional beast called the "Ifrit" who needs to eat them to become invincible . After that, he plans to release the Ifrit into the world in order to destroy it. However, to open the portal to the Ifrit's world, the seven Chaos Emeralds are required. Eggman Nega secretly hires Rouge the Bat to collect the Chaos Emeralds. The Master Emerald has also gone missing (again) and Knuckles the Echidna teams up with Rouge to find it. Meanwhile, Silver the Hedgehog has returned from a now ruined future caused by the Ifrit. In order to make a happier future, he searches for and steals the Chao that are left in order to hide them. Espio first thought that Silver was hiding Chao for a cause of evil, but Espio finds out that Silver was trying to save the world. Then, they work together to save the world. The real Dr. Eggman sends Metal Sonic to find Shadow, and tells him of Nega's plans. Nega has learned of the Ifrit by accessing Professor Gerald Robotnik's journals, and Shadow and Metal Sonic set out to retrieve the Chaos Emeralds before he does. Eggman uses Metal Sonic as a communication device to aid Shadow along the way. All of the teams meet up at the Mystic Haunt Zone where the portal to the Ifrit's world is. Despite Rouge only collecting six of the Emeralds, the portal opens anyway and Nega dispatches his newly copy of Metal Sonic, Metal Sonic 3. 0 to awaken the Ifrit. Despite possessing the minds of Sonic, Tails, Knuckles, and Rouge (depending on who the player plays as), the Ifrit is defeated by the other teams. Shadow and Metal Sonic defeat the Ifrit and close the portal but they and Eggman Nega are trapped in the Ifrit's dimension. However, Metal Sonic tears his chassis open, revealing the 7th Chaos Emerald. Shadow uses the Emerald to teleport back with Metal Sonic. Nega is left trapped under some rubble. Sonic and Tails save all the Chao and bring them to a Chao Garden and relax there while Knuckles finds the Master Emerald in the Emerald Detector that he and Rouge stole from Eggman Nega. Rouge steals the Master Emerald and runs, and Silver returns to what he hopes is a happy future. Espio has to answer to Vector the Crocodile who has spent their client's advanced payment on late rental fees.