A história do Live A Live é dividida em sete capítulos aparentemente não relacionados que podem ser reproduzidos em qualquer ordem, com base em gêneros populares como faroeste, ficção científica e mecha. Cada capítulo tem seu próprio enredo, cenário e personagens. Embora a jogabilidade básica seja a mesma ao longo do jogo, cada capítulo adiciona um novo fator à fórmula básica, como os elementos furtivos no capítulo ninja. Após a conclusão dos sete primeiros capítulos, dois capítulos finais ocorrem para estabelecer a conexão entre os sete anteriores e resolver a história.