Depois de ter derrotado o mal supremo em sua aventura anterior, o grande herói Adol está em uma praia, pensando no destino da outrora pacífica terra utópica de Ys, enquanto o vento sopra por seus cabelos ruivos. De repente, Adol percebe uma garrafa, jogada na praia. Contém uma carta, escrita em língua estrangeira, na qual uma pessoa desconhecida pede a Adol que venha à sua terra e a salve de um mal misterioso. Adol decide aceitar a oferta, e assim sua aventura recomeça... Ys IV: Mask of the Sun é um RPG de ação com um sistema de combate como os jogos Ys anteriores. Um inimigo deve ser abalroado pelos lados para machucá-lo. Se realizado incorretamente, o jogador se machucará. Também é possível usar magia e posicionar-se estrategicamente na batalha para que o inimigo não seja capaz de infligir nenhum dano.