Em Trine 4: Melody of Mystery, há problemas se formando na Academia Astral mais uma vez. Todos os alunos estão amaldiçoados, presos em um sono encantado e incapazes de acordar. Com um espírito misterioso à solta, liberado acidentalmente pelo gentil e inocente Cornelius Crownsteed, é melhor chamar os Heróis de Trine para ver o que eles podem fazer para trazer Cornelius e seus colegas de volta de suas sedutoras terras dos sonhos. Trine 4: Melody of Mystery é uma campanha de história de 6 níveis que continua as viagens de Amadeus, Pôncio e Zoya. A nova aventura apresenta mais atualizações para as habilidades dos heróis e novos quebra-cabeças com elementos de jogabilidade inteligentes para nossos heróis enfrentarem.

Melody é um espírito que vive dentro de uma caixa de música encantada, possuindo a capacidade de ver os desejos mais profundos e secretos das pessoas. Com seus talentos, ela pode torná-los realidade nos mundos dos sonhos que ela conjura. Quando Cornelius, um estudante da Academia Astral, se depara com a caixa de música de Melody e a abre, ele liberta Melody, que decide criar novos sonhos fantásticos para todos os alunos da Academia. Felizmente, um aluno é capaz de escapar da maldição e convocar os Heróis de Trine para consertar as coisas. Os heróis devem atravessar as paisagens oníricas da Academia Astral, aventuras de piratas exuberantes e verdejantes, enfrentar a noite na tundra gelada, seguir um caminho sinistro através de uma velha floresta assombrada, sobreviver no mundo surreal dentro da mente mecânica de uma coruja mecânica e, finalmente, resolver todos os mistérios na propriedade enganosamente aconchegante de Cornelius Crownsteed. Além dos rostos familiares de Heroes of Trine, Melody of Mystery reintroduz muitos dos favoritos dos fãs de Nine Parchments, uma história spin-off do universo Trine focada nos alunos da Academia Astral. Cornelius não é o único aluno sob o feitiço de Melody - Carabel, Gislan, Rudolfus e Coruja estão todos sonhando com fantasias encantadas.