No ano de 2096, os Wanzer (mecha dos "Walking Tanks") formam a espinha dorsal de muitas forças militares. A Comunidade Europeia está desfrutando de um período de relativa paz quando é surpreendida por ataques repentinos a bases alemãs de uma força misteriosa. Para investigar, é decidido enviar o EC Armor Tactics Research Corps, também conhecido como "Durandal". Dentro de Durandal, uma jovem nova recruta, Elsa logo se vê presa em uma conspiração internacional. Enquanto isso, a nação da Venezuela está tentando se separar dos Estados Continentais Unificados (EUA C. S. ). Forças UCS são enviadas para restaurar a ordem e eliminar o Governador Diaz. Durante uma patrulha de rotina, o sargento Darril e sua patrulha testemunham um avião de carga sendo abatido. Indo investigar, eles logo descobrem que era um avião carregando parte do ouro de Diaz. Para soldados desmoralizados da UCS como Darril, isso cheira a oportunidade... Front Mission 4 é um jogo de estratégia baseado em turnos onde o enredo alterna entre dois teatros diferentes de operação: Elsa e Darril. Controlando as forças wanzer de qualquer personagem, a história progride simultaneamente. A maioria das batalhas ocorre em um mapa aéreo dividido em uma fase de Jogador e uma fase de Inimigo. Normalmente, um wanzer pode se mover uma vez e usar seus Pontos de Ação (PA) restantes para atirar no inimigo ou usar uma habilidade. O sucesso na batalha ganha Pontos de Experiência, que são trocados por novas habilidades, como bônus de Fogo Rápido ou Evasão. Cada personagem tem um limite definido de espaços de Perícia, que são preenchidos de forma diferente por habilidades. Embora cada personagem comece com uma preferência em perícias, não há limitação sobre o que qualquer piloto pode aprender. O dinheiro, encontrado durante no mapa (junto com itens) ou ganho após uma batalha bem-sucedida, pode ser usado para atualizar wanzers e comprar novas armas.

Ambientada em 2096, a história de Front Mission 4 se passa na Venezuela e na Europa. Desde as revelações das verdadeiras causas por trás do 2º Conflito Huffman em 2092, o mundo ficou desconfiado da República de Zaftra. A Zaftra começou a perder investimentos estrangeiros e muitas empresas se retiraram da união, resultando em grandes perdas econômicas. Superpotências como os Estados Unidos do Novo Continente (USN) recusaram ofertas do sindicato para importar seus recursos naturais, o principal motor econômico de sua economia. Com uma economia debilitada e crescente desconfiança da comunidade mundial, a República de Zaftra dissolveu a Organização de Mediação da Paz (PMO) em 2094. Enquanto isso, a descoberta de recursos naturais na Polônia levou a Comunidade Europeia (CE) a parar de importar matérias-primas de Zaftra. Consequentemente, os cidadãos de Zaftran começaram a migrar para outros países em busca de trabalho. Em 2096, a República de Zaftra voltou aos holofotes depois que uma misteriosa blitzkrieg de bases militares da CE deixou a Europa em uma crise iminente de recursos. Em outras partes do mundo, a Venezuela de repente declara independência da USN.