Nos confins mais escuros do espaço infinito, o puro mal está à espreita ... As Forças das Trevas lideradas pelo deus da destruição, Bacterian, preparam-se para lançar um ataque maciço contra o planeta Gradius. Possuindo um poder imparável, as Forças das Trevas ameaçam mergulhar o Universo em uma guerra total e completa aniquilação. Sua força de invasão esmaga as defesas de Gradius, e os planetas ao redor logo caem como dominós. Agora, o poder maligno de Bacterian alcança o coração da resistência... o próprio planeta Gradius... Para combater a ameaça que se aproxima, as Forças Mundiais Unidas Gradius reúnem todas as suas naves de combate. Metade deles forma uma rede defensiva - a outra metade uma equipe de ataque. Mas eles estão em desvantagem numérica e as Forças das Trevas facilmente rasgam sua fina linha de frente. Nenhum lutador sobrevive ao massacre... Em um último movimento de suspiro, as Forças Mundiais Unidas Gradius enviam dois caças, anteriormente considerados perigosos demais para missões de combate: os caças InterDimensional VIC VIPER. Os Lutadores decolam para o coração das trevas para se juntar à briga que decidirá o destino do Universo...

In the far end of the blackest reaches of space lies a galaxy built from layers upon layers of darkness. Bacterian, the mysterious god of destruction born from this unknown region, has once again emerged from his lair. In order to achieve his wicked goals, Bacterian deploys his Dark Force for one final attack. The Dark Force promptly envelops all of space in an energy field more powerful than any of us could have imagined as it carries out its rampage of destruction and carnage. The dark invasion picks off one planet after another surrounding Gradius, and now the home planet finds itself in mortal peril. To deal with this threat, the Gradius federal government orders its entire army to build a massive defense network as it launches an all-out attack, but against an army as unprecedented as the Dark Force, even this desperate defense is about to break. Now, once again, the super-dimensional fighter Vic Viper launches. It takes off toward the boundless darkness, entrusted with the very fate of the universe...