O objetivo do Armalyte é progredir até o final de um longo nível de rolagem horizontal, onde a tela deixará de rolar e a batalha começará com um Chefe. Vencer o Chefe permite que o jogador avance para o próximo nível. Existem oito níveis ao todo. Chefes menores são encontrados no meio de cada nível e também precisam ser derrotados para progredir ainda mais. Durante cada nível, o jogador encontra inúmeras pequenas naves inimigas, muitas das quais voam em formação fixa. Os níveis também apresentam cenários que podem destruir a nave do jogador se tocados. As armas podem ser aprimoradas por meio de um sistema de aprimoramento.