Descubra o segredo obscuro por trás do massacre de 400 anos de uma expedição espanhola enquanto Nathan Drake rastreia a trilha assassina de uma antiga e secreta seita espanhola. Preso no meio de uma rivalidade entre Jason Dante - seu velho amigo - e Marisa Chase - a neta de um arqueólogo que desapareceu misteriosamente sem deixar vestígios - Nathan Drake investiga as bacias hidrográficas traiçoeiras, ruínas de templos desconhecidos e cavernas cársticas da América Central em busca de uma lendária cidade perdida, apenas para se encontrar empurrado para a beira do Abismo Dourado

Os eventos de Golden Abyss ocorrem antes de Uncharted: Drake's Fortune. O aventureiro Nathan Drake acompanha o velho amigo Jason Dante a uma escavação no Panamá liderada pela desconfiada Marisa Chase. At the site, they find the bodies of poisoned Spanish conquistadors, and a grave marker with a Visigoth symbol. After Dante has to leave due to a phone call, Marisa shows Drake an amulet she hid from Dante, inherited from her grandfather Vincent Perez and they agree to team up. Nathan e Marisa são então atacados e capturados pelo verdadeiro parceiro de Dante, o senhor da guerra Roberto Guerro, mas os dois escapam. Eles vão para a casa de Perez, que contratou Dante para continuar sua pesquisa após um diagnóstico terminal de câncer; Dante pagou Guerro pelo acesso ao local em troca de uma parte do tesouro que Guerro usará para financiar seu conflito, enquanto Marisa foi lá para terminar o trabalho de sua família. The pair learn that the marker referred to the Sete Cidades, an ancient Christian sect dedicated to finding the Seven Cities of Gold. Friar Marcos de Niza, a member of the sect, had been part of a failed expedition led by Francisco Vásquez de Coronado to find the city of Quivira.