Deus Ex: Mankind Divided segue diretamente as consequências do Incidente de Aug, um dia em que cidadãos mecanicamente aumentados em todo o mundo foram despojados do controle sobre suas mentes e corpos, resultando na morte de milhões de inocentes. O ano é 2029 e a era dourada dos aumentos acabou. Humanos mecanicamente aumentados foram considerados párias e segregados do resto da sociedade. O crime e os atos de terror servem como um véu fino para encobrir uma conspiração abrangente destinada a controlar o futuro da humanidade...

O ano é 2029, e os humanos mecanicamente aumentados agora foram considerados párias, vivendo uma vida de segregação completa e total do resto da sociedade. Agora um agente secreto experiente, Adam Jensen é forçado a operar em um mundo que passou a desprezar sua espécie. Armado com um novo arsenal de armas e aprimoramentos de última geração, ele deve escolher a abordagem certa, juntamente com em quem confiar, a fim de desvendar uma vasta conspiração mundial.