Fear Effect é uma aventura de ação esperando para se desdobrar! Wee Ming Lam desaparece alguns dias antes de seu aniversário de 18 anos em circunstâncias misteriosas. Três mercenários implacáveis conspiram para rastreá-la e resgatá-la para seu pai, o Sr. Lam, um poderoso líder da Tríade em Hong Kong. Uma missão de extorsão para recuperar Wee Ming Lam se torna uma lição de sobrevivência contra o mais inimaginável dos inimigos.

Situado por volta do ano 2050. Quando Wee Ming, a filha de um poderoso chefe da Tríade de Hong Kong, desaparece, um trio de mercenários a procura na cidade. Eles não foram contratados para encontrá-la, mas pretendem sequestrar a garota antes que os homens de seu pai a localizem e a mantenham como refém. Wee Ming desapareceu no protetorado fictício de Shan Xi; Hana Tsu-Vachel, a personagem principal e femme fatale do grupo, costumava trabalhar em um bordel em algum lugar daquela região. Hana chega a Hong Kong acompanhada de seus parceiros, Royce Glas e Jacob "Deke" DeCourt. O que começa como um simples arrebatamento se transforma em um fiasco: o pai do fugitivo, Sr. Lam, atribui sua fortuna e poder a um pacto que fez com demônios há muito tempo. Wee Ming, que é uma boneca de papel que ganhou vida, foi programada para servir como um sacrifício a Yim Lau Wong, o mítico "Rei do Inferno". O contato de Hana dentro da organização do Sr. Lam, Jin, é descoberto, torturado e deixado para morrer com uma bomba amarrada ao peito. Hana o liberta, mas ele é morto pouco depois. Enquanto isso, Glas é atacado por um jato VTOL e forçado a fugir para o prédio do Sr. Lam. Depois de vingar Jin, Hana é capturada e espancada pelo Sr. Lam e seus capangas. Glas consegue resgatar Hana, e a dupla foge para onde encontram Deke em frente ao hotel em que estão hospedados. Enquanto ouvem a última mensagem de Jin para Hana, o trio é forçado a sair de uma ponte, mas são capazes de nadar até um lixo. Enquanto navegava por um rio, Deke vê Wee Ming entre uma aldeia em chamas. Deke e Glas perseguem enquanto Hana se veste, mas todos os três são separados pelos aldeões mortos-vivos. Eles se deparam com um trem militar onde os soldados hostis atiram em qualquer um à vista por medo dos aldeões. Hana e Deke destroem o trem tentando roubá-lo, mas Glas consegue encontrar um jipe com Wee Ming sentado lá dentro. Ela pede para ser levada a um restaurante de Madame Chen, que funciona como um bordel, na esperança de encontrar respostas sobre sua existência. Quando Glas é pego se esgueirando no bordel, o Sr. Lam o surpreende, cortando seu braço esquerdo. Ao mesmo tempo, Deke é assassinado enquanto tentava se infiltrar no bordel do andar de cima. Hana se esgueira vestindo-se como uma das prostitutas, onde encontra Wee Ming novamente depois de ter sido arrastada por Madame Chen, que está trabalhando para o Sr. Lam. Os poderes de Wee Ming são ativados, depois de serem salpicados com o sangue de Deke, transformando as garotas trabalhadoras e os bandidos de Madame Chen em demônios. O Glas de um braço só desperta em um armário de carne, surpreso ao descobrir que ainda está vivo; ele supõe que o Sr. Lam deve estar planejando uma morte lenta para ele. Wee Ming chega e tenta o seu melhor para ajudá-lo. Quando Hana entra para confrontar sua ex-chefe, Madame Chen, ela descobre que Chen é na verdade um demônio disfarçado. Na luta que se seguiu, Chen e seus asseclas são mortos, mas o Sr. Lam desaparece com sua filha em um portal para o Inferno. Determinado a salvar Wee Ming de qualquer destino que o Sr. Lam tem reservado para ela, Hana os segue até o portal, com Glas despertando novamente, e se liberta para persegui-los. Em uma jornada surreal pelo Inferno, Hana encontra os Guardas Negros e Brancos da Impermanência que lhe dão mensagens enigmáticas sobre seu destino. Glas encontra o cadáver reanimado de Deke, que está sendo torturado pelos muitos assassinatos que cometeu. Deke assume uma forma demoníaca grotesca e ataca Glas. Depois que ele for vitorioso, Glas promete vingar Deke. Enquanto isso, Hana confronta Yim Lau Wong, que explica que o Inferno ficou sobrecarregado com as almas dos culpados. Assim que Wee Ming retornar ao submundo, Yim Lau Wong será capaz de expandir os confins do Inferno e consumir a Terra. Hana foi escolhida para cuidar de Wee Ming porque Yim Lau Wong desejava que alguém "implacável" fosse seu guardião. Glas reaparece e tenta matar Wee Ming, acreditando que ela seja a raiz do caos. Durante o tenso impasse entre Hana e Glas, o jogador tem a opção de escolher qual deles deve morrer. Esta decisão determinará o chefe final, bem como o final subsequente. Na configuração de dificuldade "Difícil", uma terceira opção estará disponível: poupar as vidas de Glas e Hana. Nesse final, a dupla emerge dos destroços fumegantes do bordel, onde encontram um Deke confuso sentado em um vaso sanitário. Deke não se lembra de ter sido morto, acreditando que deu um golpe na cabeça e pergunta como eles se saíram com o "acordo". Enquanto se levanta do poço, Glas fica atordoado ao perceber que seu braço esquerdo foi completamente restaurado. Os três parceiros saem para o nascer do sol para continuar suas façanhas.