Jet Set Willy é um jogo de plataforma flip-screen em que o jogador move o protagonista, Willy, de sala em sala em sua mansão coletando objetos. Ao contrário do estilo tela por tela de sua prequela, o jogador pode explorar a mansão à vontade.

Um mineiro cansado, Willy, tem que arrumar todos os itens deixados em sua casa depois de uma grande festa. Com isso feito, sua governanta Maria o deixará ir para a cama. A mansão de Willy foi comprada com a riqueza obtida em suas aventuras em Manic Miner, mas grande parte dela permanece inexplorada e parece estar cheia de criaturas estranhas, possivelmente resultado dos experimentos anteriores do proprietário (desaparecido). Willy deve explorar a enorme mansão e seus terrenos (incluindo uma praia e um iate) para arrumar completamente a casa para que ele possa dormir o suficiente.