Este jogo é a quarta parcela da série principal. O jogo é o primeiro a ser apresentado em 3D, tanto em ambiente quanto em combate.

A história começa com uma menina órfã do falecido estado de Zhao, Shui Jing (水鏡) e sua irmã discípula sênior, Qu Xian (屈嫻) no topo de uma montanha com seus idosos da Casa de Mo, um clã Mohist que se opõe ativamente à tirania de Qin e seu líder, que muitas vezes é acompanhado por um misterioso conselheiro de pele roxa (mais tarde revelado ser o Espírito da Embarcação original em uma missão ideológica para criar uma utopia unificada, absorvendo o mundo mortal no universo criado pelo Espírito - "Reino nas Nuvens"). Qu Xian testemunhou seus companheiros sendo assassinados por construções mecânicas gigantes criadas com a técnica Jiguan. Mais tarde, Shui Jing se encontra com Ji Liang (姬良) (mais tarde conhecido como Zhang Liang張良), um jovem bem-educado do estado Han aniquilado que pode utilizar o Pergaminho do Céu (Tian Shu天書) em batalhas depois de obtê-lo e decifrá-lo em uma escapada inicial com Shui Jing, e Ji Peng (疾鵬), um rei pássaro falante que emprega um corpo humanoide de Jiguan em batalha. Os três viajam por várias terras para combater as maquinações do Império Qin e do Espírito da Embarcação. Mais tarde na história, Ji Peng é revelado como sendo o pássaro de propriedade do marido do líder do clã Mo, Fu Ziche (輔子徹) (introduzido em Dance of Maple junto com a atual líder Mo, Lady Wenjin (紋錦), conhecida por sua eterna juventude), que havia sido selada no gelo no Mundo Dentro da Embarcação após um batalha com o Espírito da Embarcação durante a qual ele evitou o desastre, impedindo que o Fogo Negro que o Espírito da Embarcação desencadeou usando um cristal roxo em desespero tomasse forma. O trio finalmente reconciliou suas diferenças com o Espírito, resgatou Fu Ziche e confrontou a verdadeira ameaça, lutando com todas as nove porções de Fogo Negro (com cada porção aumentando seu poder e todas as nove porções 4^128 vezes mais poderosas do que uma porção sozinha) enlouquecendo, o que se acredita para ser a arma suprema do Inferno que pode assumir a forma de um dragão negro, descoberto há muito tempo usando cristais roxos pelo antigo engenheiro do reino Shu, Qi, que causou a destruição de sua civilização e foi selado em um casulo protetor até os eventos do jogo, quando ele tomou controle de Lady Wenjin (que foi criada com Fogo Negro) e Fogo Negro para destruir o mundo (ou em sua mente, criando um mundo onde o inferno e o reino mortal coexistiram para eliminar a morte) ao despertar.