Baseado na série de desenhos animados de mesmo nome, The Pirates of Dark Water é um jogo de luta de rolagem lateral semelhante a Final Fight ou Streets of Rage. O jogador escolhe um personagem, entre o Príncipe Ren e seus dois companheiros Tula e Ioz, que diferem em força e agilidade, mas que usam os mesmos ataques básicos. Existem dois botões de ataque, um para ataques rápidos e combinações e um para um único ataque pesado. Outros comandos incluem: bloquear ataques, agarrar e arremessar oponentes, ataques de investida enquanto corre e um ataque especial que atinge vários inimigos simultaneamente, consumindo energia vital. Na maioria das fases, você também precisa evitar obstáculos como abismos, pedras que caem ou espinhos que surgem do chão.

O mundo aquático de Mer está ameaçado pela mortal Água Negra. O Príncipe Ren e seus companheiros precisam encontrar os Tesouros do Domínio para controlar a Água Negra e restaurar a antiga glória de Mer. Em seu encalço, o maligno lorde pirata Bloth busca os tesouros para governar Mer.