Rex deve impedir que Van Kleiss e seus asseclas ganhem poderes sem precedentes que poderiam destruir a Terra. Multi-Cabeça, Biowulf e o Coração de Aquania aparecem no jogo, como vilões coadjuvantes. Quando Rex vai em uma missão para derrotar o EVO, EVO de Múltiplas Cabeças, ele descobre um pedaço de um projeto que mais tarde é roubado por Breach. Isso faz com que Rex perca algumas de suas novas construções. Ele relata isso à Providência e vai para a Selva. Uma parte do projeto está localizada no Dr. Laboratório do Rylander, onde o Rex copia os dados do Rylander. Ele é então rapidamente atacado pelo "Coelho EVO", que mais tarde derrota. Violação rouba o projeto novamente, quando Rex retorna a Providence. Depois, Rex vai para Hong Kong com Bobo Haha para impedir que Quarry (o chefe original de Rex) roube itens, incluindo um pedaço da planta. Para o interesse de Rex, ele encontra seu amor romântico, Circe. Ele descobre que ela está trabalhando para Van Kleiss, novamente, enquanto ele a ajudava a escapar dele.